New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000731 | = 17001 | NA (NA) | 31 (0.030) | 9/148 | NT | 100% | coding (61/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
? | CP000731 | = 17016 | 0 (0.000) | coding (46/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
GTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTA > CP000731/16918‑17082 | atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 2:1878464‑M2/7‑91 (MQ=255) atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 1:1608744‑M2/7‑91 (MQ=255) tctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCaa > 2:1237158‑M2/6‑91 (MQ=255) gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATCGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCGACG < 1:5451013‑M2/91‑1 (MQ=255) gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG < 1:5533377‑M2/91‑1 (MQ=255) gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG < 2:1571947‑M2/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |