| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP000731 | = 17016 | 0 (0.000) | coding (46/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTT > CP000731/16926‑17106 | ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:1573590‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:809364‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:86954‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:2479995‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC < 1:2157412‑M2/91‑1 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:428298‑M2/1‑91 (MQ=255) 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tagtagCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagttatcgtgatatatctgaaatattaagggaacgtggtgtaaacgttcatcattc < 1:162330‑M2/91‑75 (MQ=255) agCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacg < 1:4955975‑M2/91‑79 (MQ=255) ccAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgat < 2:517383‑M2/91‑81 (MQ=255) cAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatc < 1:3969257‑M2/91‑82 (MQ=255) cAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatc < 2:2132210‑M2/91‑82 (MQ=255) aaCGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatct < 1:2058630‑M2/91‑83 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 1:2591838‑M2/1‑6 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:3602324‑M2/91‑86 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |