| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 514694 = | NA (NA) | 32 (0.170) +TCCTACAGGAAACGCGTTATTAATCTTGTG |
9/100 | NT | 100% | intergenic (+2762/‑4001) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 558897 = | 0 (0.000) | intergenic (+110/+3692) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGAACACTCACAAGATTAATAACGCGTTTCCTGTAGGATGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGG > USA300TCH1516_ALE/558807‑558981 | atcggcttcttgtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccagcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:4656276‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttcataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:3446854‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:5713321‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:3880602‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:889581‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:5218197‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:539906‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:1616962‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:4763388‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:2871246‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:4707721‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:5621197‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 1:2362399‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:2057232‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:2057057‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:5752388‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 1:5414324‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:595066‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 1:1834427‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 1:1834348‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:2460207‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga > 2:2473158‑M2/91‑91 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:601648‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 2:715973‑M2/1‑1 (MQ=255)atcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatatatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtga < 1:5800745‑M2/1‑1 (MQ=255) tcggcttgtagtgcgaaggcatccaccgtgcgcccttagtaacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:2136667‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaatgacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg > 1:3031900‑M2/90‑91 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:3941256‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg > 2:1857195‑M2/90‑91 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 1:692718‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg > 2:3229668‑M2/90‑91 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:3176491‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 1:1233150‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:1932918‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:3082764‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg > 2:3009263‑M2/90‑91 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:2527424‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 1:1863563‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 1:1628769‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 1:2847315‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtgccaaggcatccaccatgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:2005432‑M2/2‑1 (MQ=255) tcggcttctagtaccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAg < 2:3754287‑M2/2‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacagtaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:5669782‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt > 1:92251‑M2/89‑91 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 2:3684345‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:1815114‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:3262551‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt > 2:4143085‑M2/89‑91 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:2878948‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:2876406‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt > 1:4300809‑M2/89‑91 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 2:5725685‑M2/3‑1 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt > 2:4818378‑M2/89‑91 (MQ=255) cggcttctagtgccaaggcatccaccgtgcgcccttaataacttaatctatgtttccatcctacaggaaacgcgttattaatcttgtgAgt < 1:2172628‑M2/3‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |