| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | NA (NA) | 31 (0.110) +AGCGAA |
7/148 | NT | 18.8% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2317633 = | 145 (0.490) | intergenic (+286/‑170) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/2317543‑2317723 | acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag > 1:3854950‑M2/91‑91 (MQ=255)acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag > 2:1918355‑M2/91‑91 (MQ=255)acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag < 2:1036572‑M2/1‑1 (MQ=255)acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag > 1:1400373‑M2/91‑91 (MQ=255)acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagagagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag > 1:5626968‑M2/91‑91 (MQ=255)acatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctcagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaag > 1:4154106‑M2/91‑91 (MQ=255) catgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGc > 2:855060‑M2/90‑91 (MQ=255) catgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGc > 2:3176077‑M2/90‑91 (MQ=255) catgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGc > 2:2284354‑M2/90‑91 (MQ=255) atgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGcc > 1:1633615‑M2/89‑91 (MQ=255) atgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGcc > 2:1898221‑M2/89‑91 (MQ=255) atgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGcc > 1:1948800‑M2/89‑91 (MQ=255) atgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGcc > 1:4983067‑M2/89‑91 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa < 2:1115636‑M2/4‑1 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa < 2:1504192‑M2/4‑1 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa > 1:4780626‑M2/88‑91 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa > 1:4579303‑M2/88‑91 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa > 1:4712792‑M2/88‑91 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa < 1:2965264‑M2/4‑1 (MQ=255) tgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCa > 1:2889668‑M2/88‑91 (MQ=255) gttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAt > 1:31846‑M2/87‑91 (MQ=255) gttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAt > 1:1912643‑M2/87‑91 (MQ=255) gttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAt < 1:5123929‑M2/5‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 2:4846476‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 2:147185‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 1:1340541‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 1:3420914‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 1:3517361‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 1:1851584‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt > 1:3903487‑M2/86‑91 (MQ=255) ttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 1:50354‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaagacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCAtt < 2:1607182‑M2/6‑1 (MQ=255) agtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACg > 2:3148685‑M2/77‑91 (MQ=255) gcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACGTATTAACATg > 1:2082732‑M2/67‑91 (MQ=255) cgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACGTATTAACATGt > 2:5695787‑M2/66‑91 (MQ=255) cgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACGTATTAACATGt > 2:2440272‑M2/66‑91 (MQ=255) ctcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAttt > 1:5299860‑M2/61‑91 (MQ=255) cctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaaGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAtttta > 1:2411819‑M2/59‑91 (MQ=255) ctcAGCCTCGGTATTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt > 2:1243344/1‑91 (MQ=14) cacAGCCTCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACATATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 2:4511891/89‑1 (MQ=9) tcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTa < 1:2791810/91‑1 (MQ=32) aGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaa > 2:4702986/1‑91 (MQ=34) gCCTCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaa < 2:2399616/91‑1 (MQ=18) gCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaa < 1:5475377/91‑1 (MQ=34) gCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaa > 2:3131274/1‑91 (MQ=34) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaa > 2:3716889/1‑91 (MQ=33) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaa < 1:5842329/91‑1 (MQ=34) cTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaaa > 1:4523662/1‑91 (MQ=34) tCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAAt < 1:3344871/91‑1 (MQ=34) ggTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTGACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa < 1:62544/91‑1 (MQ=21) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 2:4408420/91‑1 (MQ=35) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 1:876148/91‑1 (MQ=35) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg > 2:599845/1‑91 (MQ=34) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 2:1988387/91‑1 (MQ=35) tCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGa > 2:3195493/1‑91 (MQ=37) cTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGac > 2:2737523/1‑91 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac > 1:988584/1‑91 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac < 2:5503789/91‑1 (MQ=37) cGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACt > 2:5007813/1‑91 (MQ=37) aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACttt < 2:5763150/91‑1 (MQ=37) aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACttt > 2:3960586/1‑91 (MQ=37) aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACttt < 1:2318372/91‑1 (MQ=37) cTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTg < 2:1352702/91‑1 (MQ=37) cTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTg < 2:1715579/91‑1 (MQ=37) cTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTg > 1:1105726/1‑91 (MQ=37) tGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGc < 2:2878367/91‑1 (MQ=37) tGGCACAGCTCCCTCAGGTGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGc < 1:4897309/91‑1 (MQ=255) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGcc > 2:762855/1‑91 (MQ=37) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGcc < 1:97800/91‑1 (MQ=37) ggCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGcc < 2:4632/91‑1 (MQ=37) cACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCaa > 1:4739082/1‑91 (MQ=39) gCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACtt > 1:1061951/1‑91 (MQ=255) gCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACtt > 1:2192576/1‑91 (MQ=255) gCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACtt > 2:3253230/1‑91 (MQ=255) cTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTg > 2:813958/1‑91 (MQ=255) cTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTg < 1:3131274/91‑1 (MQ=255) cTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTATAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTg < 2:3031640/91‑1 (MQ=255) cccTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTGCTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGca < 1:3670041/91‑1 (MQ=255) ccTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGcac < 2:4611602/91‑1 (MQ=255) ccTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGcac > 1:1293912/1‑91 (MQ=255) ccTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGcac < 2:552571/91‑1 (MQ=255) cAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATa < 2:4169640/91‑1 (MQ=255) ggAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATaaa < 2:3402923/91‑1 (MQ=255) ggAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATaaa < 2:4053150/91‑1 (MQ=255) ggAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATaaa > 1:1965296/1‑91 (MQ=255) gAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGATACTTTGCCAAACTTGCACATAAAt > 1:5534159/1‑91 (MQ=255) gAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAAt < 2:1848522/91‑1 (MQ=255) aGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATg < 1:4022816/91‑1 (MQ=255) gTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGt < 1:5425074/91‑1 (MQ=255) gTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGt > 1:4314142/1‑91 (MQ=255) tctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGtt > 1:2554975/1‑91 (MQ=255) tctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGtt > 2:3072420/1‑91 (MQ=255) ctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGttt > 1:1371852/1‑91 (MQ=255) ctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGttt > 1:1208602/1‑91 (MQ=255) ctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGttt > 1:1003873/1‑91 (MQ=255) ctcGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGttt > 2:2351608/1‑91 (MQ=255) aaGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTa > 2:2114954‑M2/3‑91 (MQ=255) cGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTaa > 2:635825/1‑91 (MQ=255) gCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTAAt < 1:176452/91‑1 (MQ=255) gCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTAAt > 2:583284/1‑91 (MQ=255) | TTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAACTTGCACATAAATGTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/2317543‑2317723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |