| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 638 (0.610) | 12 (0.020) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
5/94 | NT | 6.1% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
Only 100 of 1113 total aligned reads displayed.
ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 | ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa > 1:3776669‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 1:1332376‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt > 1:2545553‑M2/1‑88 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 2:89762‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt < 1:4350434‑M2/91‑5 (MQ=255) ttttATCAAGAGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 2:4679903‑M2/1‑87 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta < 2:1128747‑M2/91‑6 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta < 1:3359285‑M2/91‑6 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta > 1:1807901‑M2/1‑86 (MQ=255) ttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaa < 1:5674825‑M2/91‑7 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 2:3648424‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 2:4791023‑M2/91‑9 (MQ=255) cAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtg > 1:144362‑M2/1‑81 (MQ=255) cAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtg > 1:3255337‑M2/1‑81 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:781250‑M2/1‑80 (MQ=255) tttgtttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 2:2437567‑M2/88‑13 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAGGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct > 1:2174604‑M2/1‑79 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 2:2054655‑M2/91‑13 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 1:1091839‑M2/91‑13 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 1:4144960‑M2/91‑13 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCATGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct > 1:3672352‑M2/1‑79 (MQ=255) gggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgcta < 2:1736428‑M2/91‑14 (MQ=255) ggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctat > 1:4070918‑M2/1‑77 (MQ=255) ggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTAGATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctat > 2:3478503‑M2/1‑77 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata > 2:1335029‑M2/1‑73 (MQ=255) aTGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataa > 1:2261763‑M2/1‑72 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATTAAGGGTTTATAAAACCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATATGTTTatttaaagtgctataataacc > 2:4917110‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 1:3106652‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 1:468590‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac < 1:124917‑M2/91‑22 (MQ=255) aaaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaact > 1:896915‑M2/1‑69 (MQ=255) aGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactta < 2:2306454‑M2/91‑25 (MQ=255) ggTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaa > 1:5396210‑M2/1‑66 (MQ=255) gTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaat < 1:3601922‑M2/91‑27 (MQ=255) gTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaat > 1:5760786‑M2/1‑65 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat < 1:4945091‑M2/91‑29 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGATTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat > 1:636198‑M2/1‑63 (MQ=255) gATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataaca < 2:4083528‑M2/91‑33 (MQ=255) tatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaa > 1:2067143‑M2/1‑57 (MQ=255) ctttaTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaa < 1:5504454‑M2/90‑36 (MQ=255) ttATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaac < 2:5329549‑M2/91‑38 (MQ=255) ttATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaac > 1:4860741‑M2/1‑54 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacc > 1:4770412‑M2/1‑53 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccc > 1:1028201‑M2/1‑52 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccc > 1:5047774‑M2/1‑52 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:4559338‑M2/1‑51 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 2:4405227‑M2/1‑51 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc < 1:196462‑M2/91‑41 (MQ=255) cAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccca < 1:5125056‑M2/91‑42 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac > 1:1609155‑M2/1‑48 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac > 1:171760‑M2/1‑48 (MQ=255) gggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaact < 2:2972783‑M2/91‑45 (MQ=255) gTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactac < 2:2379957‑M2/91‑47 (MQ=255) tttATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaacaccccaactact < 2:3736892‑M2/91‑48 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:195717‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:4170765‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:4485966‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:5072686‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt < 2:1490282‑M2/91‑51 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggta < 1:3467760‑M2/91‑52 (MQ=255) aaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaat < 2:1412709‑M2/91‑54 (MQ=255) aCCCTTGATAGAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaagttaatataacaaaaaccccaactactggtaata > 1:5830437‑M2/1‑37 (MQ=255) 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aaGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaac > 2:1054338‑M2/1‑6 (MQ=255) aaGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaac > 1:2659424‑M2/1‑6 (MQ=255) aaGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaac > 2:2640089‑M2/1‑6 (MQ=255) gTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactg < 2:3037490‑M2/91‑88 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 2:3958139‑M2/91‑89 (MQ=255) ttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgtt > 1:2782751‑M2/1‑2 (MQ=255) | ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |