| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 16941 = | NA (NA) | 13 (0.010) | 9/148 | NT | 100% | coding (121/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 16948 = | 0 (0.000) | coding (114/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAT > CP000731/16858‑17038 | gggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:2323694‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 1:1199919‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:3714773‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:3299396‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 1:3448891‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 2:5073229‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:2400915‑M2/91‑91 (MQ=255)agaatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 2:4936484‑M2/1‑1 (MQ=255)aagatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:1025687‑M2/1‑1 (MQ=255) ggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaAc < 1:3741744‑M2/2‑1 (MQ=255) ggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcatagagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaAc > 2:5692929‑M2/90‑91 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:2876513‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg > 1:3070456‑M2/89‑91 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 2:4451513‑M2/3‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |