New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	44 (0.950)	25 (0.800) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	21/166	NT	45.8%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

TCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACAT  >  USA300TCH1516_ALE/512487‑512749                                                                                                                                       |                                                                                                                                  tCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCTTGTATAGTATTTATGTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                   <  1:320369/134‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.