New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 54 (1.170) | 4 (0.100) | 3/212 | NT | 9.4% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 31 (0.780) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
AAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACA > USA300TCH1516_ALE/895653‑895917 | aaGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGtt > 1:58806/1‑134 (MQ=255) ggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgctttcccttgcacttccttgatattcttgctaaTTATTcc < 1:195424‑M1/7‑1 (MQ=255) ggcaaaaaaaggacataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctgtctaaTTATTcc < 2:410973‑M1/7‑1 (MQ=255) gcacaaaaaaggcagtatttcagaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttatacatgcatatatatcaatgttttgattggccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCt > 2:144088‑M1/127‑134 (MQ=255) caaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTg < 1:511825‑M1/9‑1 (MQ=255) caaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTg < 2:143885‑M1/9‑1 (MQ=255) caaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataaaaatgttttaattgcccttgaacttacttaataatatagataaTTATTCctt < 1:393885‑M1/9‑2 (MQ=255) ccTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGc < 2:506519/134‑1 (MQ=255) aaaaaaagggcataattttgaaactaagggcaatggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctgcctaaTTATTCCTGc > 2:371615‑M1/125‑134 (MQ=255) cTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATGAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCt > 1:586830/1‑134 (MQ=255) 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aCTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATAc > 2:573957/1‑134 (MQ=255) tAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACGATCTAAAGATATTAAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTACTGCTAAATAATACCaa > 2:39266/1‑134 (MQ=255) tAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCATGCTAAATAATACCaa > 1:224762/1‑134 (MQ=255) aaTTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTGAATAATGCCAAt > 1:329757/1‑134 (MQ=255) aaTTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTACCGATACATCTGCTAAATAATACCAAt > 2:95652/1‑134 (MQ=255) aTTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGACGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAGTCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAAtt < 2:316727/134‑1 (MQ=255) tGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaa > 2:254681/1‑134 (MQ=255) tGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaa > 2:338306/1‑134 (MQ=255) gCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaa < 1:118752/134‑1 (MQ=255) cTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaat < 1:316853/134‑1 (MQ=255) aaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACTAATtaaata < 1:468042‑M1/30‑1 (MQ=255) aaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAaataaata < 1:526322‑M1/30‑1 (MQ=255) gTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataa > 1:102085/1‑134 (MQ=255) gTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataa > 2:425924/1‑134 (MQ=255) ttAAAGAATGACATCAATATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataaa < 2:573812/134‑1 (MQ=255) agGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATAccc < 1:58506/134‑1 (MQ=255) ggACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCt > 1:590670/1‑134 (MQ=255) cATCAATATGAGAAGAAAATCAAAGCCTTTCTCCAGTTAGTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATCGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTta < 2:586830/134‑1 (MQ=255) aTCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTtaa > 1:364941/1‑134 (MQ=255) tCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTAAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTtaat > 1:402836/1‑134 (MQ=255) cAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTTAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTtaata < 1:15919/134‑1 (MQ=255) aaGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATAACAATTAAATAAAAATAACCTTtaataa > 1:47740/1‑134 (MQ=255) tgatAAGAAAATCAAAGCAATAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaacaac < 2:56292/134‑1 (MQ=255) aTCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAgggg < 1:546002/134‑1 (MQ=255) tCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGt < 1:584117/134‑1 (MQ=255) tCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGt > 2:330196/1‑134 (MQ=255) tCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGCGt > 2:200574/1‑134 (MQ=255) aaaGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTa > 2:159522/1‑134 (MQ=255) aGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAtt > 1:399622/1‑134 (MQ=255) aGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAtt > 2:438619/1‑134 (MQ=255) aGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGAGGTAAtt > 1:196531/1‑134 (MQ=255) aTTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTGAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAttttt < 1:552081/134‑1 (MQ=255) ttatACAATCGAAAGAAATTCGAGAATTCATGAATAAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCGTGCTAAATAATACCAACTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTTTGGTATTGaa < 2:420863/131‑1 (MQ=255) ttACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACTCTTAAGGCGTTATTTTTGTGGTATTGaaaa > 1:236158/1‑134 (MQ=255) tACAATCTAAAGATATTTAATACTTTATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATCAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAAt < 1:528565/134‑1 (MQ=255) tACAATCTAAAGATATTGAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTTCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAAt < 2:462359/134‑1 (MQ=255) tACAATCTAAAGATATTCAAGATTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGTGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAAt < 2:137823/134‑1 (MQ=255) tACAAACTATATATATTTAAGACTTTATTATTGATATATACAATTGTGCAGTTATTACTGCTAAATAATAACAATTAAATAAAAATACCCTATAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAAt < 1:161922/134‑1 (MQ=255) tCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACTCTATAATAAAAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATaaaaa < 2:102085/134‑1 (MQ=255) cTAAAGATATTCAAGACTTCATTCATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATCATACCAGTTACATATATATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGAGGTATTGAAAATaaaaaa > 1:25917/1‑134 (MQ=255) aaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAggg > 2:472380/1‑134 (MQ=255) aaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAggg > 2:231554/1‑134 (MQ=255) gATAGTAAAGACTTCATTAAGGAAAAATACAATGGGGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTTCGGTATTGAAAATAAAAAATGGca < 2:563001/134‑1 (MQ=255) tCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACAAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaaaa > 2:300312/1‑134 (MQ=255) attgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAgg < 1:543685‑M1/101‑1 (MQ=255) cccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCCATTAAATAAAAATACTTTTTAACAACAACGATTAGGGGGATATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGTGCACAAAAGGGGCa < 1:226939‑M1/105‑1 (MQ=255) tCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTACGGGGTTATAGAAATGATATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGt > 2:428617/1‑134 (MQ=255) tCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGt > 2:500373/1‑134 (MQ=255) aTTAAGTAAAAATAAAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGtat < 2:135707/134‑1 (MQ=255) gAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATAACAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGAGCACAAAAGGGGCAGTCAATGCaa > 2:411830/1‑134 (MQ=255) aaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTa > 2:18178/1‑134 (MQ=255) aaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTa > 1:292249/1‑134 (MQ=255) ggTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGAGTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAttt < 1:165417/134‑1 (MQ=255) ggCAGTTATTCCTCCTACTTAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTTGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTa < 2:2179/133‑1 (MQ=255) gCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTCAACATAACACAGTGTACATAAGGCGCACTCAATGCACATTATCCACTTTTaa > 2:362018/1‑134 (MQ=255) gTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGCTATTGAAAGAAAAAAAGGGCACACAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACa > 2:69526/1‑134 (MQ=255) | AAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACA > USA300TCH1516_ALE/895653‑895917 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |