New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	895785 =	54 (1.170)	4 (0.100)	3/212	NT	9.4%	coding (806/822 nt)	metQ_2	Methionine‑binding lipoprotein MetQ
	?	USA300TCH1516_ALE	= 909740	31 (0.780)					intergenic (‑663/‑371)	USA300HOU_RS04500/csbD_1	hypothetical protein/Stress response protein CsbD

TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAA  >  USA300TCH1516_ALE/909607‑909858                                                                                                                                      |                                                                                                                       tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCCTTATTTTGAAACAAAAGGTATGTTTAAGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTaa                                                                                                                        <  1:83059/134‑1 (MQ=255)        ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGCTTTCCCTTGCACTTCCTTGATATTCTTGCTAAttattcc                                                                                                                 <  1:195424‑M2/134‑8 (MQ=255)        ggCAAAAAAAGGACATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAAttattcc                                                                                                                 <  2:410973‑M2/134‑8 (MQ=255)         gCACAAAAAAGGCAGTATTTCAGAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATACATGCATATATATCAATGTTTTGATTGGCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcct                                                                                                                >  2:144088‑M2/1‑126 (MQ=255)          cAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctg                                                                                                               <  2:143885‑M2/134‑10 (MQ=255)          cAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctg                                                                                                               <  1:511825‑M2/134‑10 (MQ=255)          cAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAAAAATGTTTTAATTGCCCTTGAACTTACTTAATAATATAGATAAttattcctt                                                                                                               <  1:393885‑M2/134‑10 (MQ=255)           aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACTAAGGGCAATGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGCCTAAttattcctgc                                                                                                              >  2:371615‑M2/1‑124 (MQ=255)            aaaaaaGAGCATAATTTTGAAACAAAGGGAAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                             >  1:205344‑M2/1‑123 (MQ=255)             aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATTTTTTTATTGCCCTTGAACTTCCTTAATAAACTGGCTAAttattcctgtta                                                                                                            <  1:311121‑M2/134‑13 (MQ=255)             aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTGTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGGTAATCTGGCTGAttattcgtgcta                                                                                                            <  2:143978‑M2/134‑13 (MQ=255)                    gCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATTCATATATAACAATGTTTTGAATACACATGAACTTCCTTAAAAATAAAGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                     >  1:334268/1‑134 (MQ=255)                    gCATAATTTTGAAACAAAGATCAAACGTATTATTGCTAGTCGTGCTCGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                     <  1:599693/134‑1 (MQ=255)                         aTTTTTATATAAAGTGCATGTTTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATCCATATATAACAATATTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                <  1:23766/134‑1 (MQ=255)                         aTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                <  1:129102/134‑1 (MQ=255)                               aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatactaattaaata                                                                                          <  1:468042‑M2/134‑31 (MQ=255)                               aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaaataaata                                                                                          <  1:526322‑M2/134‑31 (MQ=255)                                 aCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATATATTATCTTTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTGAATAAATCATATTAATGGCt                                                                                        <  2:568810/134‑1 (MQ=255)                                   aaaGGGCAAGTGTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCGTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCa                                                                                      <  1:508419/134‑1 (MQ=255)                                                   aattatAAAATATCTTGAAGATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCt                                                                      <  1:561093/134‑1 (MQ=255)                                                         aaaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtt                                                                <  2:418106/134‑1 (MQ=255)                                                         aaaTTATCTTGAAAAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTTGTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGGTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtt                                                                <  1:199314/134‑1 (MQ=255)                                                                cTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGAGTCAGTAACGTGATGTTCGTTGGATGtttaatt                                                         >  2:242723/1‑134 (MQ=255)                                                                       aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGATGAGCTTTTTAATTTAAACAg                                                  >  2:254988/1‑134 (MQ=255)                                                                            ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAAAGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAtt                                             >  1:49818/1‑134 (MQ=255)                                                                             taAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTTATTTAAACAGGTAttt                                            >  1:246022/1‑134 (MQ=255)                                                                                aTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTtata                                         <  1:345649/134‑1 (MQ=255)                                                                                 tGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCAAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTatat                                        <  1:149150/134‑1 (MQ=255)                                                                                     tatataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAGTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTTACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTCAACAGAAATTAATATGaaa                                    >  1:137006/1‑132 (MQ=255)                                                                                       tataTCAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATAtt                                  <  2:298592/134‑1 (MQ=255)                                                                                         taACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTa                                <  1:273403/134‑1 (MQ=255)                                                                                           ccAATGTTTTGATTGCCCTTGACCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATTAATCATATTAATGTCTCATTAACGGGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAgg                              <  2:303035/133‑1 (MQ=255)                                                                                           aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAgg                              <  2:68785/134‑1 (MQ=255)                                                                                             aaTGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTCCTCAATTAAACGGGTATTTATATGATATTTAGGaa                            <  1:116256/134‑1 (MQ=255)                                                                                                   ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGTAATGAGAt                      >  2:248749/1‑134 (MQ=255)                                                                                                   ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGAt                      <  2:488675/134‑1 (MQ=255)                                                                                                     gagagCCCGTGAACTTCCTGGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTATCGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGc                    <  1:400701/130‑1 (MQ=255)                                                                                                      aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaagg                   <  1:543685‑M2/134‑102 (MQ=255)                                                                                                       ttGCTCTTTAATGTCCTTGTTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTTATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTa                  <  2:390103/134‑1 (MQ=255)                                                                                                       ttGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGTTAATTATTTCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGACTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTa                  <  1:324267/134‑1 (MQ=255)                                                                                                         gCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                <  1:545200/134‑1 (MQ=255)                                                                                                         gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                >  2:75076/1‑134 (MQ=255)                                                                                                          cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacccattaaataaaaatactttttaacaacaacgattagggggatatttttgtggtattgaaaataaaaaagtgcacaaaaggggca               <  1:226939‑M2/134‑106 (MQ=255)                                                                                                            cTTGAATTTCCTTGTTAGTCTGGCTCATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg             <  2:554784/134‑1 (MQ=255)                                                                                                             ttgatgttCTTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGTGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGATTGAGATGCTATTACgg            <  2:413914/128‑1 (MQ=255)                                                                                                                aaCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTCTGAATGAGATGCTATTACGAATa         >  1:38391/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                aaCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa         >  1:76277/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                       tggATAATCTGGCTAATTATTGCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaaa  <  1:338961/132‑1 (MQ=255)                                                                                                                                      |                                                                                                                       TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAA  >  USA300TCH1516_ALE/909607‑909858

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.