New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 3069 | 631 (0.350) | 4 (0.000) | 4/246 | NT | 1.3% | intergenic (‑395/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
? | NC_012417 | = 3118 | 0 (0.000) | intergenic (‑444/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 2121 total aligned reads displayed.
TTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2929‑3125 | ttttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTTTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAAATCGAGGTGTTATATAGAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA < 2:622102‑M1/141‑1 (MQ=255) ttttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA > 1:112998‑M1/1‑141 (MQ=255) ttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAATGTGTTTTTGTTCGTGAACCGAAAATTTGCCAATAAAAAAc > 2:446815/1‑141 (MQ=39) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTAAAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAcac > 1:19738/1‑139 (MQ=255) aaaCGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAcccc < 1:379722/141‑1 (MQ=255) cGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGt < 1:574382/141‑1 (MQ=255) agAGGGTGAACGAGTTTCTTTTTTTATTGATATTATATATAAATAATTATATTTTATATATATAGATGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGt < 2:346163/140‑1 (MQ=255) gAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGt‑t < 1:42219/141‑1 (MQ=255) aGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑ta > 1:429726/1‑141 (MQ=255) aGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑ta < 1:520870/141‑1 (MQ=255) gtgAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGACATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑Tatat > 1:248426/1‑141 (MQ=255) aatgAGTTTCTTCTTGTCTGGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TAtattat < 2:197602/138‑1 (MQ=255) cGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATCGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATAttatta > 1:292183/1‑141 (MQ=255) ttttCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAgg < 1:14415/140‑1 (MQ=255) gTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAgg > 2:244024/1‑141 (MQ=255) cttcttGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTc < 1:101086/141‑1 (MQ=255) ttcttGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAACGTGTCg > 2:595021/1‑141 (MQ=255) gtcttgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTAGAATCt > 1:485580/1‑141 (MQ=255) ttgATAGTGTATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACGGTTGATAATACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTaa < 2:226567/141‑1 (MQ=255) tgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTaaa < 2:42434/141‑1 (MQ=255) gATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaat < 1:122511/141‑1 (MQ=255) cTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAataata < 1:62961/141‑1 (MQ=255) atagaGAAATAAGTCGATAATATATATAGAGATGTAATTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACt < 2:550528/141‑1 (MQ=255) aataGAAATAACACGATTTTATATATATAGCTGTAATTGTTGATAATACAGTTTTTAAACGTTTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTg < 2:368266/140‑1 (MQ=255) ataGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTGAGGTGTCGAATCTTAGATGATCCTgg > 1:343250/1‑141 (MQ=255) ataGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgg < 2:213820/141‑1 (MQ=255) taGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg > 1:616953/1‑141 (MQ=255) taGAAATAACTCGATTTTATAAATATAGGTGTAACTATTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg < 2:70751/141‑1 (MQ=255) taGAAATAACTCGAATTTATATACCTCATCGTCAGTGTTGATATTAAAGTGTTTAAACGTATCTTCGTAGGTAAGGGGAAAATTTGAGTATAGATAACCCCAAT‑TGTATTTTTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATGTTggg > 2:11452/1‑141 (MQ=255) gAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggggg < 1:508656/141‑1 (MQ=255) aaTAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTc > 1:1540/1‑141 (MQ=255) aTAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAATCCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCt > 1:391762‑M2/1‑140 (MQ=255) tAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtt < 1:75091‑M2/141‑3 (MQ=255) aCTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttt < 1:583780‑M2/141‑5 (MQ=255) aCTCGAATTTATATATAGAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCTCAGT‑TATATTATTAAGATGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttt < 2:235015‑M2/141‑5 (MQ=255) cGATTTTATATATATAGTTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttttat < 1:164312‑M2/141‑8 (MQ=255) gATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATa < 1:210435‑M2/141‑2 (MQ=255) aTTTTATATATATAGCTGTAACTGTCGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGTGTCTTTTTATat < 1:641245‑M2/141‑3 (MQ=255) ttttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatg > 1:478704‑M2/1‑138 (MQ=255) atatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaat < 1:533941‑M2/141‑8 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaata > 2:632561‑M2/1‑133 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaata > 2:51842‑M2/1‑133 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaata < 1:605036‑M2/141‑9 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTATTTTTATatgcacta < 2:29708‑M2/141‑9 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAATGGGTGTCTTTTTATatgtaata < 2:528579‑M2/141‑9 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAAAGTGTTTTTTTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGATGTCGAATCTTAAATAATACTGGGAGTCTTTTTATatgcaata < 2:139863‑M2/141‑9 (MQ=255) atatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAACC‑CACAAGTATAGATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatat < 1:468068‑M2/141‑10 (MQ=255) tatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGTTCTTTTTATatgcaatata < 2:327462‑M2/141‑11 (MQ=255) tatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatata < 2:373602‑M2/141‑11 (MQ=255) tatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatata > 1:360134‑M2/1‑131 (MQ=255) ataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataata > 1:320070‑M2/1‑128 (MQ=255) ataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataata > 2:168578‑M2/1‑128 (MQ=255) aagCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatac > 2:84192‑M2/2‑127 (MQ=255) gTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactacta < 1:543871‑M2/141‑20 (MQ=255) gTAAAGGTGGATAAAACAGTGATTAAACGTGTTTTTGTGCAGGAAAGGAAAATTGGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGTTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactacta > 2:607507‑M2/1‑122 (MQ=255) aaCTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactaga < 1:310402‑M2/141‑22 (MQ=255) aaCTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatacaatataatactactaga < 2:398104‑M2/141‑22 (MQ=255) ttGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtat > 1:238238‑M2/1‑115 (MQ=255) ttGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAAACTTAAATAATAATCGGGGCCGACCAAGatgcaatataatactactagaagtat < 1:88837‑M2/141‑27 (MQ=255) tGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGTGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtaaa < 2:149664‑M2/141‑28 (MQ=255) tGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtata < 1:132894‑M2/141‑28 (MQ=255) atatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataac < 1:562007‑M2/141‑30 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAGTAAAAAACCCAAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTATTGAgtataatataatactactagaagtataaccg > 2:558710‑M2/1‑110 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg > 1:30274‑M2/1‑110 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg > 2:476250‑M2/1‑110 (MQ=255) tACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaa < 2:501382‑M2/141‑34 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGATAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTTTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatca > 2:287594‑M2/1‑103 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataagcgaaaatca < 1:96432‑M2/141‑39 (MQ=255) tttAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaag > 1:454572‑M2/1‑101 (MQ=255) aCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataat < 2:336827‑M2/141‑46 (MQ=255) tgtTTTTGTGAGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaa > 2:274777‑M2/1‑93 (MQ=255) atatttgttCGTTAAAGAAAAAGTAGACAAAAAAAAACCTCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGAGAGTCTTTTTATatgaaatataatactactagaagtataaccgaaaagtaagataataaaa > 2:184285‑M2/4‑92 (MQ=255) ttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGAGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaacgaaaatcacgataataaaacgtt < 2:38768‑M2/141‑54 (MQ=255) aGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatga > 1:412821‑M2/1‑77 (MQ=255) aaTTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaa > 1:33293‑M2/1‑72 (MQ=255) aaTTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGAACTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaacatcaaataaagttaaaacatatgacgaaa < 1:495159‑M2/141‑70 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAACTAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaagcaagataataaaacgttacaatagatgacgccaa < 1:266360‑M2/141‑71 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAAACCCCAAT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaa < 1:181848‑M2/141‑71 (MQ=255) tGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtg > 2:409138‑M2/1‑68 (MQ=255) tGAAAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTATCTAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagcagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtg > 2:108482‑M2/1‑68 (MQ=255) gatAAAAAgacccctagtattatttaagattctacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaatttttctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatc < 2:128979‑M1/140‑134 (MQ=255) aTAAAAAgaccccgagtattatttaagattcgacaccttaataatataactgtggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcg < 2:584331‑M1/141‑135 (MQ=255) aTAAAAAgacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcactcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaattt > 2:45796‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtgggaaa < 1:595683‑M2/141‑79 (MQ=255) aTAAAAAACC‑‑AGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCGTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtgggaaaca > 2:571778‑M2/1‑61 (MQ=255) aaaaagaccctgattattatttaatattcgacatcttaataatataactggggttttttattgtcaaatttttctttcacgcaaaaaaacacttttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 2:487597‑M1/141‑137 (MQ=255) aaaaagaccctcagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 2:434005‑M1/141‑137 (MQ=255) aaaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatctcaacagttacagctatatatataaaatccat > 2:25941‑M1/1‑5 (MQ=255) aaaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag > 1:55369‑M1/1‑5 (MQ=255) aaaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag > 2:305920‑M1/1‑5 (MQ=255) aaaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataaccggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 1:444399‑M1/141‑137 (MQ=255) aaaaagaccaccaggattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 1:400887‑M1/141‑137 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagt > 1:353237‑M1/1‑4 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagt < 1:370390‑M1/141‑138 (MQ=255) aaaaaCCCCAGT‑TATATTATTATGCACGCGAAGCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataacagaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgagaaaagggaaacaa < 2:359121‑M2/141‑82 (MQ=255) aaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcaccaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacatctatatatataaattcgcgtt > 2:315914‑M1/1‑3 (MQ=255) aaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagtt < 1:172866‑M1/141‑139 (MQ=255) aaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagtt < 1:281181‑M1/141‑139 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagtta > 2:539237‑M1/1‑2 (MQ=255) aaCGCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtgggaaacaacgc > 1:221625‑M2/1‑57 (MQ=255) | TTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT‑TATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2929‑3125 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |