BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	53 (1.040)	35 (1.050) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	25/170	NT	47.3%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 517814	67 (1.310)	35 (1.050) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	25/170	NT	47.3%	intergenic (+5882/‑881)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

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GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512760

tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttcaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                             <  1:18343‑M1/2‑1 (MQ=255)

  gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                           <  2:572378/141‑1 (MQ=255)

  gCGTTAAGTACAGGTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                           <  2:12325/141‑1 (MQ=255)

    gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTCTTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                         >  1:370459/1‑141 (MQ=255)

    gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                         >  1:518894/1‑141 (MQ=255)

    gTTAAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                         <  2:27979/141‑1 (MQ=255)

        gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgcacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                                     <  2:247762‑M1/10‑1 (MQ=255)

        gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                                     <  1:526673‑M1/10‑1 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAGCTACAATGAGGTGTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  2:346265/1‑141 (MQ=255)

           ccgatgccgaacacagaagttaagccccttagcggcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  1:168856‑M1/129‑141 (MQ=255)

              atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAACAAGTTATTGACtt                                                                                                                               <  1:28816‑M1/16‑1 (MQ=255)

               tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggtagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              >  1:67793‑M1/125‑141 (MQ=255)

               tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              <  2:409710‑M1/17‑1 (MQ=255)

                    aaaGGTGTAATTGTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         <  1:11961/141‑1 (MQ=255)

                     acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTGTTGACTTAAATGtt                                                                                                                        <  2:326241‑M1/23‑1 (MQ=255)

                     acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        <  2:362690‑M1/23‑1 (MQ=255)

                     acacagaaggtaatcgcgtaagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        >  2:614036‑M1/119‑141 (MQ=255)

                       acaacagataagctccttagcgtagacggtagtcgaacttaagttccgatagagtagaaagttgacaggcagttatttaaacaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                      >  2:407728‑M1/117‑139 (MQ=255)

                        agagaaggtaagctcctgagcgtcgatggtagtcgaacttacgtgccgctagagtagaacgctgccaggcagtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                     >  1:23096‑M1/116‑138 (MQ=255)

                          gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                   <  1:159387/141‑1 (MQ=255)

                          gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAACTTCATGTtaataa                                                                                                                   >  1:203344/1‑141 (MQ=255)

                           aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTtaaatgttgctcaa                                                                                                                  <  2:219628‑M1/29‑7 (MQ=255)

                           aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgtgccgctagagtaaaacgttgccaggcagttttttaatcagattttggttaaaaaataaaatggacaagatacAAAAATTTATTGACTTAACTGAGAATaaa                                                                                                                  <  2:30432‑M1/29‑1 (MQ=255)

                            aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                 >  1:331912/1‑141 (MQ=255)

                               taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                              >  2:639095‑M1/109‑141 (MQ=255)

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                                                           cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                  >  1:476453/1‑141 (MQ=255)

                                                            cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  1:448181‑M1/62‑1 (MQ=255)

                                                              aacgttacgagagaggagaacattgctaggcaagttattaatcaaatattgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                               >  2:542320‑M1/78‑141 (MQ=255)

                                                                  ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                           <  1:480114‑M1/68‑1 (MQ=255)

                                                                    atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTCATACTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAATGa                                                                         >  2:382313/1‑141 (MQ=255)

                                                                      gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                       <  2:432803‑M1/72‑1 (MQ=255)

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                                                                       ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAATAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                      >  1:404140‑M1/69‑141 (MQ=255)

                                                                         agaggagaacgttgacaagcagtttattaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                    >  2:387491‑M1/67‑141 (MQ=255)

                                                                           tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                  >  1:341064/1‑141 (MQ=255)

                                                                            gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                 >  1:546130/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                            ttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                 >  1:250389‑M1/32‑141 (MQ=255)

                                                                                                             tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                                >  2:417465‑M1/31‑141 (MQ=255)

                                                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATTTCAACGTTATTTCACAAAAACATa                               >  2:381429/1‑141 (MQ=39)

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                                                                                                                cTTGAATTACTAACGAAAATTCATTTTAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAGTATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACCTAAc                             >  2:546456/1‑141 (MQ=38)

                                                                                                                 gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            >  1:340041‑M1/27‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         <  1:105842/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTCTTCGCTTATACGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACAATAAGTTa                    >  2:523713/1‑141 (MQ=25)

                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                    <  1:636911/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                    >  2:225059‑M1/19‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                    <  1:530516‑M1/123‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aaaatcgacaagagtaAAAAAGTTATAGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  >  2:381180‑M1/17‑141 (MQ=255)

                                                                                                                           aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  <  1:126116/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             aatggacaagataaAAAAAGTTACTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAACTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                >  1:247762‑M1/15‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                >  1:219628‑M1/15‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               >  2:88518‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTCCAAACa              >  1:125367/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa              >  1:248006/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTATCATTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGCCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt        >  1:573744/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  1:103455/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  1:245886‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa    <  1:220300/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCTAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTataatt  >  2:612478/1‑136 (MQ=255)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.