| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 53 (1.040) | 35 (1.050) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
25/170 | NT | 47.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 517814 | 67 (1.310) | intergenic (+5882/‑881) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GAATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAGCG > USA300TCH1516_ALE/517675‑517953 | aaTGTATAAATTACAGTCATATGTCGGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTGCCATGCCGAACAAAGACGTAAAGTTTCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgt > 2:196383‑M2/1‑139 (MQ=255) aTGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCaaaa < 1:523561/141‑1 (MQ=32) gTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCaaaaaa < 1:620451/141‑1 (MQ=32) tataAATTACATTCAGATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCGCACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAAt < 2:605778/141‑1 (MQ=17) aaaTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGa < 1:58150/141‑1 (MQ=32) aaaTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCGGGCAgttttttaa < 2:385822‑M2/141‑10 (MQ=255) aaTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaat > 1:560040‑M2/1‑131 (MQ=255) aaTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaat > 1:195335‑M2/1‑131 (MQ=255) aTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatc < 2:340041‑M2/141‑12 (MQ=255) cATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAATTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCa > 2:70112/1‑126 (MQ=18) cATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAATTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCa < 1:70112/126‑1 (MQ=18) cATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaat < 1:406378‑M2/141‑16 (MQ=255) ttCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGACCGTTGCCAGGCAgttttttaatcaacttt < 1:253855‑M2/141‑18 (MQ=255) cATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTACGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCCAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttg < 2:107183‑M2/141‑20 (MQ=255) cTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTg > 1:241028/1‑141 (MQ=32) cTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTCGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaa < 2:579600‑M2/141‑27 (MQ=255) ggTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTCGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaa > 1:457934‑M2/1‑113 (MQ=255) gTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCATGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaat > 1:617027‑M2/1‑112 (MQ=255) gACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGAcc > 1:140624/1‑141 (MQ=32) cTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTCAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGAATGCGATGAGCCCCATTCAGActcc > 2:413749/1‑138 (MQ=11) cTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACAAAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGCGGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAAGGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGc > 1:622966/1‑141 (MQ=255) cTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaa > 1:205386‑M2/1‑108 (MQ=255) taGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAg > 1:33802/1‑141 (MQ=32) taGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACATTGCCAGGCAGAAACGGGAAGCGATGAGCCGCATCTAGACCGCAAg > 2:326912/1‑141 (MQ=11) taGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgg < 1:638392‑M2/141‑37 (MQ=255) aGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCTTCTATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATTAGCCGCATTGAGACCGCAAgg < 1:404079/141‑1 (MQ=12) gCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTCGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgctttttaattaacttttggttaaaaaataaaatggac < 2:567068‑M2/141‑39 (MQ=255) gCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaattggac < 1:549665‑M2/141‑39 (MQ=255) aaGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgtcttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaa < 2:245886‑M2/141‑41 (MQ=255) aggaggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGtctc < 1:324486/141‑1 (MQ=32) aggaggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGtctc > 1:488441/1‑141 (MQ=32) ggaggTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaga > 1:332255‑M2/1‑99 (MQ=255) gaggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGAGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCtt < 2:289488/141‑1 (MQ=17) gaggTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaaatttggttaaaaaataaaatggacaagat < 1:233486‑M2/141‑44 (MQ=255) aggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCCTTGAGACCGCAAGGtacattt > 2:507516/1‑135 (MQ=12) aggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCttt > 2:230537/1‑141 (MQ=32) aggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCttt > 2:478533/1‑141 (MQ=32) tCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCtttttt > 2:55520/1‑141 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tttCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTaa < 1:502682/141‑1 (MQ=35) ttCAATGCCGAACACTGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGCATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTaaa < 2:106141/141‑1 (MQ=12) ccgatgcCGAACACAGAAGTTAAGCCCCTTAGCGGCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattga > 1:168856‑M2/4‑83 (MQ=255) ccATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAAc > 2:154459/1‑141 (MQ=32) cATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACg > 1:127461/1‑141 (MQ=32) aTGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaacaagttattgactt < 1:28816‑M2/141‑62 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(MQ=11) aaCTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGa < 1:605178/141‑1 (MQ=33) aaCTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGa < 1:55520/141‑1 (MQ=33) cTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatg < 1:448181‑M2/141‑108 (MQ=255) tACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAAc < 2:295724/141‑1 (MQ=33) cGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGt > 1:75597/1‑141 (MQ=33) agagccGCTAGAGGAGAACAATGACAGGAAAAAAAGGGAGAAGATGAGCAGAATTGAAACCGCAAGGTCTCTTATTATATGTATAAAAAGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGt < 2:36610/137‑1 (MQ=11) gTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGtt < 1:415901/141‑1 (MQ=33) ttCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGttt < 1:310143/141‑1 (MQ=33) ttCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAAAGACTGCGATGAGCCTCATTTAAACCACAAGGACACTTTTTTTATGTCTAAAAGGTCAGATTAAGATGCAAACACCAATAAACATGGCATGGTTAAGAGAAAACCttt > 2:194407/1‑141 (MQ=2) gCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaa < 2:432803‑M2/141‑118 (MQ=255) cTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaaaatagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaagtcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaa > 1:404140‑M2/1‑23 (MQ=255) cTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATc > 1:435171/1‑141 (MQ=33) agagGAGAACGTTGACAAGCAgtttattaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaact > 2:387491‑M2/1‑21 (MQ=255) tAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGATTGCCGAAGTGAAAAAGTTTGAATCTGACGa > 2:356342/1‑141 (MQ=16) gAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGaaa > 1:582075/1‑141 (MQ=33) gAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTAAATCTGACGaaa > 1:378476/1‑141 (MQ=18) gTTGCCAGGCAAAGAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACgag < 1:626072/141‑1 (MQ=18) gTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGATTGAATCTaacgaaacgaa > 2:214617/1‑140 (MQ=18) tGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGGAACGAGaa > 1:17487/1‑141 (MQ=18) ccAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactgaatgacaatatgt < 1:225059‑M2/141‑135 (MQ=255) ccAGGCAAAAGATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGaaaa < 1:384602/141‑1 (MQ=18) cAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAag > 1:61253/1‑141 (MQ=33) cAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAgcg < 1:478533/141‑1 (MQ=35) | GAATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAGCG > USA300TCH1516_ALE/517675‑517953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |