| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2054896 = | 41 (0.800) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 9.5% | intergenic (‑37/‑824) | purB/sspP | Adenylosuccinate lyase/Staphopain A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2054942 = | 37 (0.760) | intergenic (‑83/‑778) | purB/sspP | Adenylosuccinate lyase/Staphopain A | |||||
TCCATGCTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCTATTTTATTTTTTACATTAATACAAT > USA300TCH1516_ALE/2054757‑2055035 | tCCATGCTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCTATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCaa < 2:546065/141‑1 (MQ=255)tCCATGCTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCaa < 1:13079/141‑1 (MQ=255) cATGCTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTAGAATTTTCaaaa > 2:528643/1‑141 (MQ=255) aacatttacaattagaaatcagtattaatctgccatagataattgtattaatgtaaaaaataaaatagaatgagaatatacggaaattttttatacatttataaccaattctgttaaactgtgaagagtagagttaaaaaa < 2:594499‑M1/6‑2 (MQ=255) cTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAg < 1:229544/141‑1 (MQ=255) tCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGaa > 1:268767/1‑141 (MQ=255) cacaTGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAAc < 1:314615/141‑1 (MQ=255) caTGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACAt > 1:31028/1‑141 (MQ=255) tttCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTCTAACAGGGAAAGAGTGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTtaataa > 2:619854/1‑141 (MQ=255) cACTTCTAACCATGCTTCATAGCGAGTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTaataaaaat > 1:594499/1‑141 (MQ=255) cTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTGTTTaataacaataatct > 2:29728/1‑138 (MQ=255) tAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACaa < 2:413010/141‑1 (MQ=255) ttCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGt > 2:337390/1‑141 (MQ=255) cATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGttt < 1:619446/141‑1 (MQ=255) aGCGACTTTGATCAGTCCAAATATTGGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTa < 1:600324/141‑1 (MQ=255) aTTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAactc > 2:612404/1‑141 (MQ=255) aTCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAactctactct > 1:98241/1‑141 (MQ=255) aGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTca < 1:129058/141‑1 (MQ=255) aaTATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGttt > 1:590252/1‑141 (MQ=255) tatTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTaa > 2:326013/1‑141 (MQ=255) tatTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTaa < 1:320233/141‑1 (MQ=255) aaatagaatgagaatatacggaaattttttatacatttataaccaattctgttaaactgtgaagagtagagttAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAAAAAAAAATTCGTTTTTAACTCTACTTTTTACAGTTTaa < 2:354978‑M1/68‑1 (MQ=255) atTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAACCAGTTAGTTTTTAACTCTTCTCTTCACAGTTTAAc < 1:154691/141‑1 (MQ=255) atTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAAc < 1:28504/141‑1 (MQ=255) tAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACATCTTAACAg > 2:571619/1‑141 (MQ=255) atgagaatatacggaaattttttatacatttataaccaattctgttaaaatgtgaagagtagagttAAAAAAATAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAAATCGATATTAACTCTACTCTTCACAATTTAACAAAAtt < 2:433570‑M1/75‑1 (MQ=255) tgtcttttCTAGAATAGCGTTCAACAATTTTTTAAACTCATACCGTATGTATACTCGAATGTACAAAAACAAAAAATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTgg < 2:107214/139‑1 (MQ=255) tcttctCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCATCACAGTTTAACAGAATTGGtt > 2:449590/1‑141 (MQ=255) ttctCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTTTTTTTTTTTAACATAAAGTTCGTTTTTCACTCTACTTTTCACTGTTTAACAGTATTGGTtat > 2:323008/1‑141 (MQ=255) ttctCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTtat > 2:261191/1‑141 (MQ=255) cGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATaaaaa > 2:212887/1‑141 (MQ=255) cGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATaaaaa > 1:519516/1‑141 (MQ=255) cGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATaaaaa > 1:441589/1‑141 (MQ=255) tCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGTTTATAAATTTATATAAAAtt > 2:128708/1‑141 (MQ=255) tCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAAtt > 1:41169/1‑141 (MQ=255) tCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAAtt > 1:358655/1‑141 (MQ=255) aaTCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTc < 1:537239/141‑1 (MQ=255) cATTTTTTTAACTCCTATAGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAGGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGt < 2:604123/141‑1 (MQ=255) ttttttAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGtata > 2:241823/1‑141 (MQ=255) ttttttAAATCCGAACGGAAGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGtata < 1:194706/141‑1 (MQ=255) ttttAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATAtt < 2:31028/141‑1 (MQ=255) tATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtat > 1:195715/1‑141 (MQ=255) ttaaactgtttatagtagtgttAAAAACACAAAATTTTTTAATAAAAATAAATAAAAAGTTCGTTTTTATTTCTACTCTTCACACTTTAACAGAATTTGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtattt > 1:354978‑M1/23‑141 (MQ=255) tCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtattt < 1:163305/141‑1 (MQ=255) gtatgtatACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAGTTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtatttta < 1:559317/141‑1 (MQ=255) atgtatACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATGACCAAAAAGTTTGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTCATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCTTTCtattttatt > 2:457482/1‑141 (MQ=255) atgtatACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtattttatt > 2:502671/1‑141 (MQ=255) atgtatACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCtattttatt > 2:502694/1‑141 (MQ=255) tgaagagtagagttAAAAACAGTACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTTTACTCTTCACATTTTTATATCTTTGCATATATATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCTATTTTAtttttt > 1:179199‑M1/15‑141 (MQ=255) ttttCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAAAAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCTTTCTATTTTATTTTTTACAttttta > 2:473300/1‑137 (MQ=255) cAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCTATTTTATTTTTTAAATTAGTACAAt > 1:59643/1‑141 (MQ=255) cAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTAGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGATTTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCTATTTTATTTTTTATATTAATatgat > 1:59589/1‑137 (MQ=255) | TCCATGCTTCACATGCTAAAATTTCCACTTCTAACCATGCTTCATAGCGATTTTGATCAGTCCAAATATTAGACATTTCTTCTCTAGAATAGCGTTCAATCATTTTTTTAACTCCTATCGTATGTATACTCGAATTTTCAAAAACAGAACATTTTTTAATAAAAATAAACAAAAAGTTCGTTTTTAACTCTACTCTTCACAGTTTAACAGAATTGGTTATAAATGTATAAAAAATTTCCGTATATTCTCATTCTATTTTATTTTTTACATTAATACAAT > USA300TCH1516_ALE/2054757‑2055035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |