| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1299540 | 50 (0.760) | 4 (0.060) | 3/252 | NT | 7.1% | coding (1201/1674 nt) | rnj2 | Ribonuclease J 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1299564 | 56 (0.880) | coding (1225/1674 nt) | rnj2 | Ribonuclease J 2 | |||||
TGGCGCACATATTATTCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGATGGCA > USA300TCH1516_ALE/1299401‑1299678 | tGGCGCACATATTATTCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGTAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCAC < 1:672142‑M1/140‑1 (MQ=255) gcACATATTATTCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGc > 1:333530/1‑140 (MQ=255) attattCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCt > 1:405743/1‑140 (MQ=255) attattCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCt > 1:478313/1‑140 (MQ=255) ttCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTagca < 1:607541/140‑1 (MQ=255) cAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCt < 2:124156/140‑1 (MQ=255) aaTAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACctgcttcagctgctagctt < 1:46376‑M1/140‑20 (MQ=255) aaTAAAAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGCTGATTAATATTATGAAACCTAAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACctgcttcagctgctagctt < 1:40326‑M1/140‑20 (MQ=255) cAAAAAGAGTCATGCTTCAAGTAATAGGTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAg < 2:3709/140‑1 (MQ=255) gATTCATGCTTCAAGGCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCCGAAGCAGGTGTTg < 2:493411/140‑1 (MQ=255) aTTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGc > 2:589157/1‑140 (MQ=255) cATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCAcc > 1:468429/1‑140 (MQ=255) aTGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATTCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCa > 1:549197/1‑140 (MQ=255) aTGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCa > 1:610738/1‑140 (MQ=255) tGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAg > 2:614434/1‑140 (MQ=255) cTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAACTGATGATTAATATTATGAAACCTGACTACTTTCTTCCTGTCCAAGGTGAATTTAAAACGCACATAGCACATGCGCAGCTAGCAGCCGCAGCAGGTGCTGCACCAGaa > 2:296072/1‑140 (MQ=255) aaGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGa < 2:104266/140‑1 (MQ=255) gTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACctgcttcagctgctagcttcgcatgtgctatctgcattttaaat > 2:208406‑M1/1‑96 (MQ=255) gTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGAtt > 1:584762/1‑140 (MQ=255) gTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGAtt < 2:696208/140‑1 (MQ=255) tCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGAttt < 1:240254/140‑1 (MQ=255) tGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGCGTTGCACCAGAAAAGATTTTcc > 2:302561/1‑140 (MQ=255) tGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTAGGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCGCATGCGAGGCTAGCAGCTGAAGCAGGGGTTGCACCAGAAAAGATTTTcc > 1:767922/1‑140 (MQ=255) ttGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTtg < 2:654665/140‑1 (MQ=255) gCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTtgtg > 1:98534/1‑140 (MQ=255) gaagaaTTCAAACTGATGCTGAATATTATGACAACTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGAGAGCACATGCGAAGCTAGAAGCTCAAGGAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGaaaa < 1:98507/140‑1 (MQ=255) aTTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGgag < 2:346597/140‑1 (MQ=255) aTTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTCTATTCCTGTACAAGGTGAATGTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCCGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGgag > 1:311023/1‑140 (MQ=255) ttAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGgaga < 2:244038/140‑1 (MQ=255) aaaaaTGATGATTAATAGTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATg < 2:549511/140‑1 (MQ=255) aaaaTGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGt < 1:46748/140‑1 (MQ=255) aaaTGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTc < 1:505965/140‑1 (MQ=255) atgatgATTAATATTATGACCCCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCat < 2:437710/140‑1 (MQ=255) atgatgATCAATATTATGCAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCat < 2:594318/140‑1 (MQ=255) atgctTAATATGATGAAACCGGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCattaa < 2:188257/140‑1 (MQ=255) ttAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTAc > 1:709916/1‑140 (MQ=255) ttAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTAc < 2:241092/140‑1 (MQ=255) tAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACctgcttcagctgctagcttcgcatgtgctatctgcattttaaattcaccctgtacaggaataaagtattcaggtttca < 1:208406‑M1/140‑79 (MQ=255) aaTATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACaa > 2:30695/1‑140 (MQ=255) aaTATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACaa < 1:250803/140‑1 (MQ=255) tGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAGGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGgtgctatctgcattttaaattcaccttgtacaggaataaagtattcaggtttcataatatta < 1:208406‑M2/140‑63 (MQ=255) gAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAg > 1:585280/1‑140 (MQ=255) gAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACAAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACAGTAAAg > 2:36524/1‑140 (MQ=255) aaaCCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAga < 2:449464/140‑1 (MQ=255) aTACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAgatatgatat > 2:456095/1‑140 (MQ=255) ttATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAAt > 1:59358/1‑140 (MQ=255) ttATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGAAAACATTAATTACAACGGTAAAGATATGCTATTAAAt > 1:545484/1‑140 (MQ=255) gTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGt < 2:584762/140‑1 (MQ=255) cAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGAACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGGaaa > 2:408069/1‑140 (MQ=255) gAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAgg > 2:288858/1‑140 (MQ=255) aaTTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCCCCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGa > 2:466403/1‑140 (MQ=255) aTTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGgtgctatctgcattttaaattcaccttgtacaggaataaagtattcaggtttcataatattaatcatcatttttaattcttccatgcaaccatgac > 2:208406‑M2/1‑44 (MQ=255) tAAAATTCAGATAACACATTCGAATCTAGTATCTGAAACAAGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGAAGATGTCATTAATTACAACGGTAAATATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAata < 2:298005/140‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAatat > 2:721859/1‑140 (MQ=255) aaaTGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCATTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAAATACAACTGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATAtt > 1:759831/1‑140 (MQ=255) tGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTa < 2:585280/140‑1 (MQ=255) gCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTaa > 1:787856/1‑140 (MQ=255) aTAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGa < 1:151710/140‑1 (MQ=255) gaGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCGTTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGAt < 1:426263/139‑1 (MQ=255) aGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAACAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGATg > 2:36999/1‑140 (MQ=255) cacaTGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAACGGTAACTTCAGGAAATATCTTAATCGATGGc > 2:317159/1‑140 (MQ=255) cacaTGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGATGGc > 1:59576/1‑140 (MQ=255) acaTGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGGGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGAAAATTCAGGAAATATTTTAATAGATGGCa > 2:395318/1‑140 (MQ=255) | TGGCGCACATATTATTCCAAATAACAAAAAGATTCATGCTTCAAGTCATGGTTGCATGGAAGAATTAAAAATGATGATTAATATTATGAAACCTGAATACTTTATTCCTGTACAAGGTGAATTTAAAATGCAGATAGCACATGCGAAGCTAGCAGCTGAAGCAGGTGTTGCACCAGAAAAGATTTTCCTTGTGGAAAAAGGAGATGTCATTAATTACAACGGTAAAGATATGATATTAAATGAAAAGGTAAATTCAGGAAATATTTTAATAGATGGCA > USA300TCH1516_ALE/1299401‑1299678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |