New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 2680007 = | 99 (0.990) | intergenic (+59/+701) | ssaA2_4/USA300HOU_RS13810 | Staphylococcal secretory antigen ssaA2/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAA > USA300TCH1516_ALE/2679871‑2680145 | aaCTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTttttatttt > 3:18321/1‑141 (MQ=255) aCTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTttttatttta > 1:505232/1‑141 (MQ=255) cTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTtttattttat < 3:216445/141‑1 (MQ=255) ttATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCACCAACGCCGTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGaa > 1:16675/1‑141 (MQ=37) aTCACCCATTAAAATACAATACACGTATACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAat < 2:583990/141‑1 (MQ=255) tCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAatt < 1:61015/141‑1 (MQ=255) cGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAatta > 1:889108/1‑141 (MQ=255) cGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAatta > 1:188232/1‑141 (MQ=255) cccATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAattata > 2:701999/1‑141 (MQ=255) cccATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAattata > 4:137575/1‑141 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tataTTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCaa < 2:837440/141‑1 (MQ=255) tatTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACt > 3:143379/1‑141 (MQ=255) atTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACta < 2:330567/141‑1 (MQ=255) tttACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAGATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACtat < 2:720957/141‑1 (MQ=255) cTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTattatt > 1:298996/1‑141 (MQ=255) cTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTattatt < 1:911148/141‑1 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(MQ=255) tgtgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTaa > 1:229116/1‑141 (MQ=255) tgtgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTaa < 3:180778/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTaa > 2:845783/1‑141 (MQ=255) tgATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAaat < 1:615545/141‑1 (MQ=255) aGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAAtt > 1:5330/1‑141 (MQ=255) aGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAAtt < 2:323375/141‑1 (MQ=255) gTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCt < 1:676183/141‑1 (MQ=255) tttttATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCta > 1:123079/1‑141 (MQ=255) ttttattttaTGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCtat > 1:724319/1‑141 (MQ=255) ttattttatGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATaa > 2:48343/1‑141 (MQ=255) | AACTTTTATCGCCCATTAAAATACAATACACGTGTACTAAGCAAAAAGGCAGCACGTAACTTTAACTATATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAA > USA300TCH1516_ALE/2679871‑2680145 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |