| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1910766 = | NA (NA) | 39 (0.120) | 11/150 | NT | 56.5% | intergenic (+299/‑256) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1910788 = | 32 (0.090) | intergenic (+321/‑234) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑ggcac‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1910855‑1910766‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATA‑CTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCCAACT > USA300TCH1516_ALE/1910788‑1910882 AGTATGTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 1:5538461/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGTCCGAGGCTGAGAC‑G > 1:5801226/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 1:104358/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 1:3784242/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 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TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC < 1:3877987/91‑1 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC < 1:2637228/91‑1 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC < 2:275582/91‑1 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC < 1:532967/91‑1 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCCGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGCC‑GGCA < 1:316216/91‑1 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA > 2:1825912/1‑91 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA < 1:398235/91‑1 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA < 1:4477714/91‑1 TGTAACAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGATTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCTAGGCTGAGAC‑GGCcc > 2:6851701/1‑89 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |