| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1910766 = | NA (NA) | 39 (0.120) | 11/150 | NT | 56.5% | intergenic (+299/‑256) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1910788 = | 32 (0.090) | intergenic (+321/‑234) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
AATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCC > USA300TCH1516_ALE/1910698‑1910878 | agtatgtcaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 1:5538461‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagtccgaggctgagacg > 1:5801226‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 1:104358‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 1:1192033‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 2:2212214‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 1:1595468‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 2:1889278‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 1:104031‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 1:3784242‑M2/1‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg < 1:5967935‑M2/2‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg < 2:2798068‑M2/2‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 2:5833567‑M2/90‑91 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 2:1311263‑M2/90‑91 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 1:5895290‑M2/90‑91 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg < 1:435880‑M2/2‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg < 1:287050‑M2/2‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 1:1609135‑M2/90‑91 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc < 2:2420635‑M2/3‑1 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc < 2:275582‑M2/3‑1 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc < 1:3877987‑M2/3‑1 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa < 1:4477714‑M2/4‑1 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa < 2:435429‑M2/4‑1 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa > 2:1825912‑M2/88‑91 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa < 2:694858‑M2/4‑1 (MQ=255) tgtaacagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagattcctgagggagcagtgccagtcgaagacctaggctgagacggccc > 2:6851701‑M2/87‑89 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgtttatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 2:5210266‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:2332437‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 2:2166032‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:689063‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:5037452‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:4535440‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 2:2253158‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 1:4232166‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 2:4728880‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:897619‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 2:5203432‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 1:3774388‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 2:1312169‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 2:1671768‑M2/5‑1 (MQ=255) gttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCg > 2:6759329‑M2/68‑91 (MQ=255) aatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTa > 1:4767718‑M2/52‑91 (MQ=255) agactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTaacgt > 2:547744‑M2/45‑89 (MQ=255) ctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagactGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAt > 1:741162‑M2/40‑91 (MQ=255) gagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACGGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTCTTAACATGTAAtttt > 2:6459133‑M2/37‑91 (MQ=255) agcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACCTGTAAttttacttt > 2:2934753‑M2/32‑91 (MQ=255) agtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAattttacttttaa > 1:3277318‑M2/29‑90 (MQ=255) agtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACtt > 1:1970855‑M2/23‑91 (MQ=255) agtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACtt > 1:5451064‑M2/23‑91 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATActttt > 2:5077112‑M2/21‑90 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATActttg > 1:5177536‑M2/21‑90 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATGTTACTTTTAAATActttg > 1:6873682‑M2/21‑90 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATATTACTTTTAAATActttg > 1:6875460‑M2/21‑90 (MQ=255) tcgaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATacttaa > 1:286813‑M2/21‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaa > 2:368708‑M2/20‑91 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTACTAACATGTAATTTTACTTTTACATactttta > 1:6501889‑M2/20‑89 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaa > 1:3635926‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaa > 1:1087242‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa > 1:3520362‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa > 1:3520270‑M2/19‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTgaaa > 2:2132280‑M2/18‑91 (MQ=255) agaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTtaaaa > 1:6887664‑M2/17‑91 (MQ=255) agaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaaaa > 1:6586945‑M2/17‑91 (MQ=255) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaaaaa > 2:1697813‑M2/16‑91 (MQ=255) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaaaaa > 2:4762380‑M2/16‑91 (MQ=255) cTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAAt < 2:6608749/91‑1 (MQ=31) tCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATa > 1:6453962/1‑91 (MQ=32) cGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATaa > 1:1996710/1‑91 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATaa > 1:3948372/1‑91 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATaa > 1:3949801/1‑91 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTAAAAAATaa > 1:5000601/1‑91 (MQ=33) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |