| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 161203 | 321 (0.900) | 18 (0.050) | 11/150 | NT | 5.3% | coding (730/816 nt) | phnE_1 | Phosphate‑import permease protein PhnE |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 161213 | 338 (1.010) | coding (720/816 nt) | phnE_1 | Phosphate‑import permease protein PhnE | |||||
Only 100 of 463 total aligned reads displayed.
AATGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTAAGTT > USA300TCH1516_ALE/161113‑161293 | aaTGTTAAACACTACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATCGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATGATACCTACACG > 2:6965431‑M1/1‑91 (MQ=255)aaTGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACG > 1:730622‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACgg < 1:6141642/91‑1 (MQ=255) tGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACTATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGt > 2:6795833/1‑91 (MQ=255) tGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTACACCGATTAATATAATACCTACACGGt > 1:2700201/1‑91 (MQ=255) tGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGtt < 2:1389699‑M1/91‑3 (MQ=255) tGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGt < 2:1298084/91‑1 (MQ=255) ttAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTcc < 2:5352811/91‑1 (MQ=255) aaaCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGttcttg > 1:6889644‑M1/1‑85 (MQ=255) aaaCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCa > 2:2885322/1‑91 (MQ=255) aaaCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCa < 1:417020/91‑1 (MQ=255) aaCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGttcttgg < 1:3992834‑M1/91‑8 (MQ=255) aaCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCaa < 2:4787321/91‑1 (MQ=255) aCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGttcttggg < 1:2506747‑M1/91‑9 (MQ=255) aCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGttcttggg < 2:3608238‑M1/91‑9 (MQ=255) aCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGttcttggg < 2:4610439‑M1/91‑9 (MQ=255) aCAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAg < 1:5082877/91‑1 (MQ=255) aTACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAc < 2:3673802‑M2/91‑2 (MQ=255) aTACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAc < 1:3722886‑M2/91‑2 (MQ=255) tACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcg < 1:534495‑M2/91‑3 (MQ=255) tACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcg > 2:6662695‑M2/1‑89 (MQ=255) aCGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcgt > 2:6264844‑M2/1‑88 (MQ=255) gTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcgtgt < 1:5990307‑M2/91‑6 (MQ=255) gTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcgtgt < 2:1693546‑M2/91‑6 (MQ=255) gTTTGCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAAcgtgt > 2:5597902‑M2/1‑86 (MQ=255) ggATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAAt > 1:2294323/1‑91 (MQ=255) aTTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATgg < 1:3038260/91‑1 (MQ=255) aTTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATgg > 1:2828417/1‑91 (MQ=255) ttGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGc > 2:941611/1‑91 (MQ=255) ttGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGc > 2:4305180/1‑91 (MQ=255) tGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCa < 1:3959779/91‑1 (MQ=255) tGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCa < 2:2966621/91‑1 (MQ=255) tGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCa > 2:4336671/1‑91 (MQ=255) gAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCaa > 1:2403489/1‑91 (MQ=255) gAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCaa < 1:3850334/91‑1 (MQ=255) gAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCaa > 2:4728736/1‑91 (MQ=255) aaCCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCaaa > 1:3213056/1‑91 (MQ=255) aCCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAat > 2:3869187/1‑91 (MQ=255) ccGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAata > 2:4954267/1‑91 (MQ=255) cGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAatat < 2:4243280/91‑1 (MQ=255) cGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAatat < 1:6101380/91‑1 (MQ=255) ggAAATTAAATCGACACTTGCGACCATTACTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTAGAATGGCAAATATg > 1:6430812/1‑91 (MQ=255) ggAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATg < 1:1590924/91‑1 (MQ=255) gAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGa < 2:3405930/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAgtg < 1:5230429/91‑1 (MQ=255) ttAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAgtgg > 2:1774465/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAgtgg > 1:118959/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAgtgg < 1:848489/91‑1 (MQ=255) aaTCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGgtgt > 1:4432311/1‑91 (MQ=255) tCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTcc > 2:2149811/1‑91 (MQ=255) cGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTccc > 2:2783257/1‑91 (MQ=255) cAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGgtcccaagaacgtgtaggtattatattaatcggtctagtactaat > 2:886804‑M1/1‑46 (MQ=255) cAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGAt > 1:6747720/1‑91 (MQ=255) gCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATaccac > 2:2643250/1‑91 (MQ=255) cGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATaccacc < 1:3358465/91‑1 (MQ=255) cGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATaccacc > 2:6190765/1‑91 (MQ=255) gACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATAccacca > 2:4324237/1‑91 (MQ=255) gACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATAccacca < 1:1406864/91‑1 (MQ=255) gACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATAccacca > 1:1803964/1‑91 (MQ=255) aCCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAg < 2:1138678/91‑1 (MQ=255) ccATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGc < 1:6845699/91‑1 (MQ=255) cATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTCTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGcc < 2:6484795/91‑1 (MQ=255) ttAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGcccc > 1:366999/1‑91 (MQ=255) aggaCTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCaa < 2:3450961/88‑1 (MQ=255) aGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCaa < 1:3562009/91‑1 (MQ=255) aCTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTa > 2:6573783/1‑91 (MQ=255) cTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAg > 2:1039995/1‑91 (MQ=255) aaaCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGcc > 1:1002128/1‑91 (MQ=255) aaaCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGcc > 1:1346395/1‑91 (MQ=255) aaaCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGcc < 2:4114529/91‑1 (MQ=255) aaaCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGcc < 2:1548232/91‑1 (MQ=255) aaCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGccc > 1:4956259/1‑91 (MQ=255) aCCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGcccc < 1:5663380/91‑1 (MQ=255) cGATTAATATAATACCTACACGGTCCAAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAg < 2:3133631/91‑1 (MQ=255) gATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGt > 2:5206222/1‑91 (MQ=255) ttAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGtat < 2:3292783/91‑1 (MQ=255) ttAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGtat > 2:1990993/1‑91 (MQ=255) taatataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGtata < 1:1510215/91‑1 (MQ=255) aatataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAg < 1:2092613/91‑1 (MQ=255) aatataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAg < 2:2250425/91‑1 (MQ=255) atataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGa > 2:5976804/1‑91 (MQ=255) atataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGa > 2:5698905/1‑91 (MQ=255) tataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCTGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGaa > 2:6721650/1‑91 (MQ=255) tataataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGaa > 2:5777793/1‑91 (MQ=255) taataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGc > 1:5500016/1‑91 (MQ=255) aataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCt < 1:4645265/91‑1 (MQ=255) ataCCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTg > 2:2547367/1‑91 (MQ=255) cTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACg > 1:1895143/1‑91 (MQ=255) tACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGt < 2:5848740/91‑1 (MQ=255) acacGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTa < 1:933215/91‑1 (MQ=255) cacGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTaa < 1:6795833/91‑1 (MQ=255) acGttcttgggaccgtgtaggtattatattaatcggtttagtactaatggtcgcaattgtcgatttaatttccggttcaatccgaaaacgt < 1:6357574‑M1/91‑89 (MQ=255) acGttcttgggaccgtgtaggtattatattaatcggtttagtactaatggtcgcaattgtcgatttaatttccggttcaatccgaaaacgt > 2:6065468‑M1/1‑3 (MQ=255) acGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCaa < 1:2603995/62‑1 (MQ=255) cGttcttgggaccgtgtaggtattatattaatcggtttagtactaatggtcgcaattgtcgatttaatttccggttcaatccgaaaacgta > 1:2032400‑M1/1‑2 (MQ=255) cGttcttgggaccgtgtaggtattatattaatcggtttagtactaatggtcgcaattgtcgatttaatttccggttcaatccgaaaacgta > 1:6650001‑M1/1‑2 (MQ=255) cGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTAAGt > 1:5910510/1‑91 (MQ=255) gttcttgggaccgtgtaggtattatattaatcggtttagtactaatggtcgcaattgtcgatttaattgccggttcaatccgaaaacgtat < 2:5329640‑M1/91‑91 (MQ=255) ggTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTAAGtt < 1:4258451/91‑1 (MQ=255) ggTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTAAGtt < 2:399931/91‑1 (MQ=255) | AATGTTAAACAATACGTTTTCGGATTGAACCGGAAATTAAATCGACAATTGCGACCATTAGTACTAAACCGATTAATATAATACCTACACGGTCCCAAGAACGTGTTTGAATGGCAAATATGAGTGGTGTCCCGATACCACCAGCCCCAATTAGCCCCAGTATAGAAGCTGAACGTAAGTT > USA300TCH1516_ALE/161113‑161293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |