| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 431147 | 290 (0.810) | 16 (0.050) | 11/140 | NT | 5.9% | intergenic (+25/+56) | nfrA/tcyP | NADPH‑dependent oxidoreductase/L‑cystine uptake protein TcyP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 431177 | 260 (0.830) | intergenic (+55/+26) | nfrA/tcyP | NADPH‑dependent oxidoreductase/L‑cystine uptake protein TcyP | |||||
Only 100 of 514 total aligned reads displayed.
CTAGGAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCATTTGAAT > USA300TCH1516_ALE/431057‑431237 | cTAGGAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCC > 1:1979372‑M1/1‑91 (MQ=255) tAGGAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGcccccc < 1:1011697/91‑1 (MQ=255) aGGAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCct < 2:2628524/91‑1 (MQ=255) ggAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCctc > 1:1771212/1‑91 (MQ=255) gAAACAAAGCAAGATTAGATATGGTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCctct < 2:3309063/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTa < 1:6689301/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTa < 2:4476174/91‑1 (MQ=255) aaCAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAg > 2:6860413/1‑91 (MQ=255) cAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCt > 2:6572246/1‑91 (MQ=255) cAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCt < 2:2364902/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCtt > 1:3661362/1‑91 (MQ=255) aaGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTa > 1:2384135/1‑91 (MQ=255) aaGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTa < 1:5526147/91‑1 (MQ=255) aGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTaa < 1:5164728/91‑1 (MQ=255) gCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTaaa > 1:2622961/1‑91 (MQ=255) gATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGa < 1:4485764/91‑1 (MQ=255) ttAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATa > 1:5921275/1‑91 (MQ=255) ttAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATa > 1:659211/1‑91 (MQ=255) tAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATaa > 2:1711751/1‑91 (MQ=255) aGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAg < 1:4842895/91‑1 (MQ=255) aGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAg < 2:4735273/91‑1 (MQ=255) gATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGt < 2:478711/91‑1 (MQ=255) tatGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAACATGATAAGtat > 2:2850005/1‑91 (MQ=255) tatGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGCTAAGtat > 2:6674385/1‑91 (MQ=255) tactttcgattcaaatgataatgctgcattaacttcacactaattcattgcaagaaatACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGtat > 2:6829539‑M1/59‑91 (MQ=255) gTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGc < 1:2734275/91‑1 (MQ=255) cgattcaaatgataatgctgcattaacttcacactaattcattgcaagaaatACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTag > 2:1988184‑M1/53‑91 (MQ=255) aaCAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAg < 1:5271799‑M2/91‑2 (MQ=255) cAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAAt < 2:4928030/72‑1 (MQ=255) cAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAggg > 1:1165168‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAggggg > 2:2540548‑M2/1‑86 (MQ=255) ttGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCt > 2:3450287/1‑82 (MQ=255) ttGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggc < 1:3062978‑M2/91‑7 (MQ=255) tGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcg > 1:6839905‑M2/1‑84 (MQ=255) tGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcg > 2:157406‑M2/1‑84 (MQ=255) tGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcg > 1:5619550‑M2/1‑84 (MQ=255) gCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcgg > 1:4928206‑M2/1‑83 (MQ=255) gataatgctgcattaacttcacactaattcattgcaagaaatACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCggg > 2:707128‑M1/43‑91 (MQ=255) cAAAAATCAGGCTTAATACCGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcggg > 2:4558036‑M2/1‑82 (MQ=255) cAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcggg > 1:6228161‑M2/1‑82 (MQ=255) cAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcggg > 1:3939633‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcgggt > 2:6313916‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTa < 1:1442247/91‑1 (MQ=255) aaaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTAt < 2:2381497/91‑1 (MQ=255) aaaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTAt < 1:4869901/91‑1 (MQ=255) aaaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTAt < 2:5216817/91‑1 (MQ=255) aaTCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTAtt > 1:4248388/1‑91 (MQ=255) aGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCtt > 1:202777/1‑91 (MQ=255) ggCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTg > 1:5118241/1‑91 (MQ=255) gCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGc > 2:818249/1‑91 (MQ=255) gCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGc > 2:1013253/1‑91 (MQ=255) gCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGc > 1:725337/1‑91 (MQ=255) gCTCAATACAGCGATAGCAAGATACTAAAATAACCCGCTCCGCTCTAGCTTAAAATGATAAGGATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGc < 2:2710170/91‑1 (MQ=255) ttAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCaa < 1:4079113/91‑1 (MQ=255) tAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAAt > 1:536579/1‑91 (MQ=255) tACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATCAGTATCGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGaa < 2:312289/91‑1 (MQ=255) aCAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAAt > 1:4661227/1‑91 (MQ=255) cAGCGATATCAAGATTCCAAAATAACGCGCCCCCCTGTTGCTTAAAATTATAAGTATATCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAAtt < 2:5826763/91‑1 (MQ=255) gCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAgggggcggg > 1:2461781‑M2/1‑62 (MQ=255) gCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAg < 2:1387584/91‑1 (MQ=255) gATAGCAAGAGACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAgtg < 2:5565145/91‑1 (MQ=255) ctaattcattgcaagaaatACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAgtgt > 2:5094397‑M1/20‑91 (MQ=255) tAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGtgtg > 1:1316539/1‑91 (MQ=255) aaGCAAGCTACCAAAATAACCCGCCCCCCGCTGGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGtgtg < 2:5405565/90‑1 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGTTAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa > 2:3796318/1‑91 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa < 1:3325367/91‑1 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa < 1:934274/91‑1 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa < 1:6892410/91‑1 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa < 2:3735762/91‑1 (MQ=255) gCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGaa > 1:503958/1‑91 (MQ=255) aaaGATACCAAAATAACCCGCGCCCTTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTGGAGGGGGCGGGTATGTCTTGCAATGCATTAGTGTGAAg < 2:6502414/90‑1 (MQ=255) aaGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGt < 2:1832693/91‑1 (MQ=255) gATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTa > 1:2180747/1‑91 (MQ=255) gATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTa > 1:2100506/1‑91 (MQ=255) tACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAAt < 2:3229731/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATg < 2:4305627/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATgcag < 2:6132914/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATgcag > 1:2996051/1‑91 (MQ=255) 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cccGCCCCCtctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttg > 1:1655689‑M1/1‑9 (MQ=255) cccGCCCCCtctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttg > 1:3872064‑M1/1‑9 (MQ=255) cccGCCCCCtctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgc < 2:2461781‑M1/71‑63 (MQ=255) CCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATc > 1:3465587‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCa < 1:6068378‑M1/91‑1 (MQ=255) cGCCCCCtctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttgca < 1:6320847‑M1/91‑85 (MQ=255) cGCCCCCtctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctatattaagcctgatttttgca < 1:6382115‑M1/91‑85 (MQ=255) GCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATGTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCAtt > 2:3658404‑M1/1‑91 (MQ=255) ccccctctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttgcaat < 1:2545473‑M1/91‑87 (MQ=255) CCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCAttt > 2:5429236‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCATTTGa > 2:2100506‑M1/1‑91 (MQ=255) cctctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttgcaattgt > 1:1704428‑M1/1‑2 (MQ=255) CCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGACTTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCATTTGaa > 2:4152291‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctagctatacttatcattttaagctagaggggggcgggttattttggtatcttgctatcgctgtattaagcctgatttttgcaattgtt < 1:2978509‑M1/91‑91 (MQ=255) | CTAGGAAACAAAGCAAGATTAGATATGTTAGAACAATTGCAAAAATCAGGCTTAATACAGCGATAGCAAGATACCAAAATAACCCGCCCCCCTCTAGCTTAAAATGATAAGTATAGCTAGAGGGGGCGGGTATTTCTTGCAATGAATTAGTGTGAAGTTAATGCAGCATTATCATTTGAAT > USA300TCH1516_ALE/431057‑431237 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |