| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 441295 = | 328 (0.920) | 18 (0.060) | 12/142 | NT | 6.3% | intergenic (+12/+101) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 441323 = | 243 (0.770) | intergenic (+40/+73) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
CGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCG > USA300TCH1516_ALE/441205‑441385 | aaattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaa > 1:3467679‑M1/89‑91 (MQ=255) aattgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccttccttattgtaattttccaactactcaaattaaaaa < 2:3104365‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATCTAATaaaa > 2:2800097/1‑91 (MQ=255) aaaCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATaaaa > 1:2696082/1‑91 (MQ=255) attgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAac < 2:4839891‑M1/5‑1 (MQ=255) aaCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAac > 1:3860682/1‑91 (MQ=255) aaCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAac < 1:5049804/91‑1 (MQ=255) aaCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACAGTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAac < 2:3816839/91‑1 (MQ=255) aCGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGCATAATTATATATAATAAAacc > 2:2061297/1‑91 (MQ=255) tgccttattgatgaattaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaagtactcaaattagaaatca < 1:5862359‑M1/7‑4 (MQ=255) ccttattgatgaattaaaacgcgaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAACaccacc < 2:5334222‑M1/9‑1 (MQ=255) aaGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGATTGGGAATAATTATATATAATAAAaccacc > 1:6183493/1‑91 (MQ=255) gTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTg > 1:220653/1‑91 (MQ=255) aGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt < 1:5671077/91‑1 (MQ=255) aGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGtt < 2:5529179/91‑1 (MQ=255) tCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGc < 1:110622/91‑1 (MQ=255) tCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGc > 1:4345189/1‑91 (MQ=255) tCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGc > 1:4811398/1‑91 (MQ=255) cACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCa < 1:1853178/91‑1 (MQ=255) atgaattgaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAACCACCTGTTTGCa > 1:850794‑M1/75‑91 (MQ=255) aCGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCAc > 2:4421599/1‑91 (MQ=255) cGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACg > 2:4096145/1‑91 (MQ=255) gTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACgg > 2:5589549/1‑91 (MQ=255) tCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACggg > 1:4388397/1‑91 (MQ=255) ttaaaacgcaaacttagaacaccttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaAAAACCACCTGTTTGCACGggt > 2:5785576‑M1/70‑91 (MQ=255) aCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtgg < 1:593771/91‑1 (MQ=255) aCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtgg < 1:4448173/91‑1 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt > 1:353969/1‑91 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt < 1:1747651/91‑1 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt < 1:2290688/91‑1 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt < 1:2915844/91‑1 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt < 1:765406/91‑1 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAACACCACCAAGCACAATTGAGTCGGAATAATACTATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtt > 2:5862359/1‑91 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtt > 2:4589024/1‑91 (MQ=255) cgcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtt < 2:330719/91‑1 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGttt < 1:994978/91‑1 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGttt > 2:2177474/1‑91 (MQ=255) cgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtttt > 1:6306833/1‑91 (MQ=255) cgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGtttt < 2:2865784/91‑1 (MQ=255) tAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTa < 1:604672/91‑1 (MQ=255) aGTCTCTGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTaa > 2:6849840/1‑91 (MQ=255) gTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAt > 1:1397039/1‑91 (MQ=255) cTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAttt < 2:5670497/91‑1 (MQ=255) aTTACATCAATACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCATCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtagt < 1:6962768/91‑1 (MQ=255) aTTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtagt > 2:2468668/1‑91 (MQ=255) aTTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtagt < 1:3721857/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGtt < 2:3421489/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGtt < 1:4220610/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg > 1:1586445/1‑91 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg < 2:1937453/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg > 2:1783579/1‑91 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg < 2:6335904/91‑1 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa < 2:4935574/91‑1 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 1:5901841/1‑91 (MQ=255) 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ataataAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGt < 2:6014716/91‑1 (MQ=255) taataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGtt < 1:2970218/91‑1 (MQ=255) taataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGtt > 1:6368940/1‑91 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGttt < 1:1501163/91‑1 (MQ=255) taaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGc < 1:5788470/91‑1 (MQ=255) taaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTCAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGc < 1:3230423/91‑1 (MQ=255) | CGTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCG > USA300TCH1516_ALE/441205‑441385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |