New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 441295 = | 328 (0.920) | 18 (0.060) | 12/142 | NT | 6.3% | intergenic (+12/+101) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 441323 = | 243 (0.770) | intergenic (+40/+73) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
GTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTTCC > USA300TCH1516_ALE/441233‑441413 | gTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGttttt < 2:1262909/91‑1 (MQ=255) gTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAt > 1:1397039/1‑91 (MQ=255) gTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAt < 1:4324874/91‑1 (MQ=255) tCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAtt < 2:2127699/91‑1 (MQ=255) tCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAtt < 2:339863/91‑1 (MQ=255) tCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAtt < 2:2365578/91‑1 (MQ=255) cATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtag < 2:6710531/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGtt < 1:3587303/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGtt < 1:4220610/91‑1 (MQ=255) tACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTg < 2:1970482/91‑1 (MQ=255) cttaccccttttccgtccttattgtaattttccaactactcaaattaaaagccacctgtttgcacgggtggttttTAATTTGAGTAGTTgg < 1:796418‑M2/16‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg > 1:753712/1‑91 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCTCCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 1:5784006/1‑91 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 2:1018008/1‑91 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 1:5065472/1‑91 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 2:4651012/1‑91 (MQ=255) aTCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGaa < 2:4313332/91‑1 (MQ=255) aTCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGaa > 1:659685/1‑91 (MQ=255) tCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGCGTAGTTGGaaa > 2:3023859/1‑91 (MQ=255) aaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTa > 2:4221477/1‑91 (MQ=255) gccaccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATGATAGATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGGGTTTAATTTGAGTAGTTGGAGAATTAc < 2:4756621/90‑1 (MQ=255) accaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAAt > 2:843706/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa > 2:3496016/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa < 2:6785500/91‑1 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa > 1:5665838/1‑91 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATaa > 2:5601102/1‑91 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATaa > 1:2786091/1‑91 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATaa > 1:5426489/1‑91 (MQ=255) caAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATaa < 1:414237/91‑1 (MQ=255) aaGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAg > 2:278991/1‑91 (MQ=255) aaGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAg > 1:3536208/1‑91 (MQ=255) atcacaATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg < 2:5536970/89‑1 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg < 1:3005343/91‑1 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg < 1:5140552/91‑1 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg < 1:4110851/91‑1 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa < 2:2342894/91‑1 (MQ=255) acaATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACg > 2:3186724/1‑91 (MQ=255) caATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACgg < 1:1905066/91‑1 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa > 1:2733262/1‑91 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa < 2:6263947/91‑1 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa > 2:410067/1‑91 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATGATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa < 2:3860682/91‑1 (MQ=255) aGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgg < 1:4421599/91‑1 (MQ=255) aGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgg < 1:3101119/91‑1 (MQ=255) tGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg < 1:1661517/91‑1 (MQ=255) tGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg > 2:5962973/1‑91 (MQ=255) gggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGt < 1:87158/91‑1 (MQ=255) ggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 2:1762088/1‑91 (MQ=255) ggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 2:1499103/1‑91 (MQ=255) gAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTaa > 2:4933769/1‑91 (MQ=255) ccaactactcaaattaAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAg < 1:6766479‑M1/75‑1 (MQ=255) aataatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAg < 1:2409494/91‑1 (MQ=255) aataatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAg > 2:1581211/1‑91 (MQ=255) ataatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAgg > 1:1202656/1‑91 (MQ=255) atTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt < 2:5162125/91‑1 (MQ=255) atTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt < 1:4921549/91‑1 (MQ=255) atTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt > 1:6314469/1‑91 (MQ=255) ttATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGtt > 2:6159594/1‑91 (MQ=255) ttATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGtt > 2:2582731/1‑91 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt > 1:3704978/1‑91 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt > 2:2487462/1‑91 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt < 2:3159841/91‑1 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt < 2:1834287/91‑1 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTa > 2:6518365/1‑91 (MQ=255) tataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAg > 1:2608568/1‑91 (MQ=255) tataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAg < 1:1567887/91‑1 (MQ=255) taataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGtt > 1:682867/1‑91 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGttt < 1:1677/91‑1 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGttt < 1:1501163/91‑1 (MQ=255) ataaAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg > 2:6340558/1‑91 (MQ=255) 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acccgtgcaaacaggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTaa > 2:5785576‑M2/23‑91 (MQ=255) CCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAt < 1:2485948‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAt < 2:3466920‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAtt > 1:326041‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtc > 1:6018430/1‑91 (MQ=255) tGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtc > 1:1268007/1‑91 (MQ=255) tGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtc < 1:3430827/91‑1 (MQ=255) gtgtGCGCGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtca < 1:5841796/88‑1 (MQ=255) gTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACACTAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtca > 1:6373472/1‑91 (MQ=255) tttGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtcat > 1:5703608/1‑91 (MQ=255) ggCACGAGTAGTTTTTAATTGGAGTAGTAGAAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGTGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTATAATtcatca < 2:5831600/90‑1 (MQ=255) caaacaggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATtcatca > 1:3982845‑M2/16‑91 (MQ=255) gCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCaa < 1:1069401/91‑1 (MQ=255) cACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAAt > 1:709379/1‑91 (MQ=255) cGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATaa > 2:709209/1‑91 (MQ=255) ggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTAGCGTTTTAATTCATCAATAAgg < 2:5336981‑M2/82‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |