| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 805375 | 241 (0.670) | 15 (0.050) | 10/126 | NT | 6.7% | intergenic (‑300/+41) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 805384 | 230 (0.820) | intergenic (‑309/+32) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase | |||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
TGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACATTTAACGATTATCTATTTTTTCGGGATATAAATCATGATTCATCAAACGAT > USA300TCH1516_ALE/805285‑805465 | tgtACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTT < 2:1741622‑M1/91‑1 (MQ=255)tgtACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTAGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTT < 1:2242989‑M1/91‑1 (MQ=255) gtACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTa > 1:3680988/1‑91 (MQ=255) tACTAATATTCTGTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAg < 2:4477998/91‑1 (MQ=255) atatTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGaaaa < 1:503538/91‑1 (MQ=255) tatTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAAt < 1:1362514/91‑1 (MQ=255) 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tGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGAt < 2:3551102/91‑1 (MQ=255) ttATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATAc > 2:4156969/1‑91 (MQ=255) tATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACa > 1:4800113/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACAt > 2:1105636/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACAt > 2:2970586/1‑91 (MQ=255) tttAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGACAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTACATGATACAttt > 2:2024353/1‑91 (MQ=255) tttAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACAttt < 1:468169/91‑1 (MQ=255) aTGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACATTTAACg < 1:3349604/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |