| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 805375 | 241 (0.670) | 15 (0.050) | 10/126 | NT | 6.7% | intergenic (‑300/+41) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 805384 | 230 (0.820) | intergenic (‑309/+32) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase | |||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
ATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACATTTAACGATTATCTATTTTTTCGGGATATAAATCATGATTCATCAAACGATGCTCAGCCA > USA300TCH1516_ALE/805294‑805474 | atTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTACATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATc < 1:6832983/91‑1 (MQ=255)atTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATc > 2:1009976/1‑91 (MQ=255)atTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATc < 2:6238636/91‑1 (MQ=255) ttttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaact > 1:2657698‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaact > 2:4559345‑M2/1‑87 (MQ=255) tttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaactt > 1:3636147‑M2/1‑86 (MQ=255) tttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaactt < 2:1254167‑M2/91‑6 (MQ=255) tttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaactt < 1:3325523‑M2/91‑6 (MQ=255) tttGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaactt < 2:2772427‑M2/91‑6 (MQ=255) tGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttat < 2:1367796‑M2/91‑8 (MQ=255) ggTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttatt < 2:4867551‑M2/91‑9 (MQ=255) ggTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttatt > 1:6590268‑M2/1‑83 (MQ=255) ggTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttatt < 2:2101204‑M2/91‑9 (MQ=255) gtgtACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattg < 1:4535784‑M2/91‑10 (MQ=255) 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cTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattggtgtg > 2:173176‑M2/1‑77 (MQ=255) cTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattggtgtg < 1:4216470‑M2/91‑15 (MQ=255) cTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattggtgtg > 1:1622610‑M2/1‑77 (MQ=255) cTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattggtgtg > 1:4780911‑M2/1‑77 (MQ=255) tGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCaacttattggtgtgttt > 2:904895‑M2/1‑74 (MQ=255) ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta < 2:349589/91‑1 (MQ=255) ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta > 2:4720255/1‑91 (MQ=255) gTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTttat < 2:6490161/91‑1 (MQ=255) gTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTttat < 2:2550125/91‑1 (MQ=255) gTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTttat < 2:3540543/91‑1 (MQ=255) tataAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTttatt > 1:622839/1‑91 (MQ=255) ataAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTAATTGGTGTGTttatta > 1:725869/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTaaa < 2:3758787/91‑1 (MQ=255) aaaaTGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTaaa > 2:2344138/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAAt > 1:2298374/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAAt > 2:6097645/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |