| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 854380 = | 329 (0.920) | 21 (0.060) | 13/148 | NT | 6.6% | intergenic (‑275/‑460) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 854405 = | 295 (0.890) | intergenic (‑300/‑435) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA | |||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
CCTTCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAA > USA300TCH1516_ALE/854290‑854470 | agattgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacg < 1:4147480‑M1/1‑1 (MQ=255) gattgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGa < 2:4184303‑M1/2‑1 (MQ=255) cTTCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGa < 2:1631425/91‑1 (MQ=255) attgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGAc > 1:549443‑M1/89‑91 (MQ=255) ttgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGAcc < 1:4718213‑M1/4‑1 (MQ=255) cGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAccc < 1:2029744/91‑1 (MQ=255) cGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAccc < 1:3582306/91‑1 (MQ=255) gttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCg > 1:4922213‑M1/86‑91 (MQ=255) gATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCg < 1:5434756/91‑1 (MQ=255) gATAACGAACAAACATCTCTTAAAAGTATATGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTGTAGTAGTGGACCCg > 1:6427314/1‑91 (MQ=255) aTAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGt > 2:4372497/1‑91 (MQ=255) aTAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGt < 1:664098/91‑1 (MQ=255) tAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGtc > 2:2582183/1‑90 (MQ=255) tAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTa > 2:4470907/1‑91 (MQ=255) aaCGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTAc > 2:66902/1‑91 (MQ=255) aCGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACg > 2:185261/1‑91 (MQ=255) aCGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACg > 1:676215/1‑91 (MQ=255) cGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGt > 2:5772098/1‑91 (MQ=255) ataaTAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTACATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTTACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGt < 1:2223112/89‑1 (MQ=255) gAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGtt > 2:6162943/1‑91 (MQ=255) aaTAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTa < 1:3695543/91‑1 (MQ=255) tatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATc > 2:3476507‑M1/76‑91 (MQ=255) tatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATc > 1:4277586‑M1/76‑91 (MQ=255) tatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataaaaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATc > 2:1046003‑M1/76‑91 (MQ=255) atgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATCg > 1:6328578‑M1/75‑91 (MQ=255) tgtattcttaaatttgtttaaaaaagtaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATCGt > 2:4686302‑M1/74‑91 (MQ=255) aTCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGc > 2:4569217/1‑91 (MQ=255) aTCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGc < 1:3878379/91‑1 (MQ=255) tctcTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCg > 1:6524167/1‑91 (MQ=255) attcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACGTTAATCGTGCg > 2:553390‑M1/71‑91 (MQ=255) tctTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCggg < 1:280912/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTc > 1:1015496/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCg > 1:856079/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCg > 2:684051/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCg > 2:5096568/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTCAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGtt < 1:6909165/91‑1 (MQ=255) aGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGtttt < 1:6578933/91‑1 (MQ=255) aGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGtttt < 1:4244946/91‑1 (MQ=255) gTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGttttt < 1:3176412/91‑1 (MQ=255) aTGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttat > 2:4780096/1‑91 (MQ=255) aTGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttat > 1:3092069/1‑91 (MQ=255) tgtgTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttatt > 1:3468978/1‑91 (MQ=255) gtgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttattt > 1:5648355/1‑91 (MQ=255) tgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttattta > 2:3338875/1‑91 (MQ=255) tgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttattta > 2:6994287/1‑91 (MQ=255) tgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGAAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTtttattta > 2:1568398/1‑91 (MQ=255) gtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTttatttat < 1:2341378/91‑1 (MQ=255) tAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTtatttatt < 1:132678/91‑1 (MQ=255) aaaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTc < 1:2557549/91‑1 (MQ=255) aaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCt < 2:3115997/91‑1 (MQ=255) aaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCt < 2:5945676/91‑1 (MQ=255) aaCGCTACAATATACAAACGAAGGTAAAAAATTGACTACCTTTAGTAGTGGACCGGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCt < 1:1237902/91‑1 (MQ=255) cGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTa < 2:3935209/91‑1 (MQ=255) cTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTAtt < 2:6521267/91‑1 (MQ=255) cTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTAtt > 1:262880/1‑91 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc < 2:3171085/91‑1 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc < 2:3653700/91‑1 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc > 2:1427545/1‑91 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc < 1:4372497/91‑1 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc > 1:4127195/1‑91 (MQ=255) gCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTcc > 1:2909652/1‑91 (MQ=255) cATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTccc < 2:294313/91‑1 (MQ=255) 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aaCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGAACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACAt > 2:4147480/1‑91 (MQ=255) gAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCaa < 1:5310158/91‑1 (MQ=255) aaGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAt > 2:2788678/1‑91 (MQ=255) aGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAtt > 2:2049128/1‑91 (MQ=255) aGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAtt < 1:5803158/91‑1 (MQ=255) aGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAtt < 1:247984/91‑1 (MQ=255) ggTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAttt > 1:1072476/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACGTTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTaa > 2:3048928/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |