| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1058102 = | 262 (0.730) | 18 (0.060) | 12/144 | NT | 6.9% | intergenic (+143/+64) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1058152 = | 250 (0.780) | intergenic (+193/+14) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin | |||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTA > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058192 | tgctaaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacatag < 2:6456631‑M1/1‑1 (MQ=255)tgctaaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacatag > 2:6290276‑M1/91‑91 (MQ=255)gAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAgg < 2:2756386/91‑1 (MQ=255) aaTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAggg < 1:1243678/91‑1 (MQ=255) ctaaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGa > 1:1368363‑M1/89‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAACAGGGa > 2:5692444/1‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGa > 2:5493536/1‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGa > 1:1886155/1‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGa > 1:2467833/1‑91 (MQ=255) aTCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGa < 2:3399414/91‑1 (MQ=255) taaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGAt > 2:2629847‑M1/88‑91 (MQ=255) taaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGAt > 1:84162‑M1/88‑91 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:705019‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaatcatcaaaggctactatgataaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATc < 1:2866535‑M1/5‑1 (MQ=255) 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cAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATcccc > 1:3931760/1‑91 (MQ=255) aaaGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCa < 2:3523566/91‑1 (MQ=255) gTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCAtga < 1:6120064/91‑1 (MQ=255) tAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACCATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCAtgat > 2:3292562/1‑91 (MQ=255) tAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCAtgat > 2:1937805/1‑91 (MQ=255) aGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCAtgatt > 2:2139545/1‑91 (MQ=255) gCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGGTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCAtgattg > 2:6761103/1‑91 (MQ=255) aaaattggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAAGTCATCCCCCATGATTGATa > 2:6927272‑M1/63‑91 (MQ=255) tGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAg > 1:5719385/1‑91 (MQ=255) gATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGt < 1:6772720/91‑1 (MQ=255) tggcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAAGTCATCCCCCATGATTGATAGTggg > 1:2021318‑M1/58‑91 (MQ=255) gTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgggg > 2:3696488/1‑91 (MQ=255) gTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgggg > 2:5187604/1‑91 (MQ=255) gTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgggg < 1:6027321/91‑1 (MQ=255) gTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTgggg < 1:4870279/91‑1 (MQ=255) gcgaagtcggcaaatacttcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAAGTCATCCCCCATGATTGATAGTggggg > 1:2819323‑M1/56‑91 (MQ=255) tAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGa < 1:5468818/91‑1 (MQ=255) cgaagtcagcaaatacgtcgacatcccacaatataaataagcaacatgaacataGGATCAAAGGTTATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGa > 2:6657458‑M1/55‑91 (MQ=255) aaaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATg < 1:5595109/91‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGa < 2:5280007/91‑1 (MQ=255) aTTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGAc > 2:2520409/1‑91 (MQ=255) ttGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACt < 1:5326456/91‑1 (MQ=255) gATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACttt < 2:2967338/91‑1 (MQ=255) ggTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGa > 1:4436574/1‑91 (MQ=255) 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taAAAAAGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATg < 1:3414797/91‑1 (MQ=255) aaaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCg < 2:2005212/91‑1 (MQ=255) aaaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCg > 2:705019/1‑91 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa < 2:848998/91‑1 (MQ=255) aaaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGa > 2:2914853/1‑91 (MQ=255) aaGGGATCAAAGGTGATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCAAGTTGCTTATTTATATTGTGTGATGTCGaa < 1:6426394/91‑1 (MQ=255) aaGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGaa < 2:1334892/91‑1 (MQ=255) aGGGATCAAAGGTCATCCCCCATGATTGATAGTGGGGGATGACTTTTGATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAg > 2:4660960/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |