| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1954767 = | 287 (0.800) | 17 (0.060) | 8/138 | NT | 7.0% | intergenic (‑29/+36) | nisB/gdmA | Nisin biosynthesis protein NisB/Lantibiotic gallidermin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1954795 = | 206 (0.670) | intergenic (‑57/+8) | nisB/gdmA | Nisin biosynthesis protein NisB/Lantibiotic gallidermin | |||||
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
TCAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGCTATTAAAACTACCAGTCTTAGCACAACCAGGAGTACATAAA > USA300TCH1516_ALE/1954677‑1954857 | tCAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGAc > 1:4917927/1‑91 (MQ=255)tCAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGAc > 2:3508135/1‑91 (MQ=255)tCAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGAc > 2:6426066/1‑91 (MQ=255)gggtgacgaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagc > 1:270427‑M1/91‑91 (MQ=255)aggtgacgaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagc > 1:6706962‑M1/91‑91 (MQ=255) ggtgacgaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCa < 2:3949152‑M1/2‑1 (MQ=255) ggtgacgaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCa < 1:1975360‑M1/2‑1 (MQ=255) ggtgacgaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCa < 2:895968‑M1/2‑1 (MQ=255) cAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACa > 1:1677307/1‑91 (MQ=255) cAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACa > 2:5580436/1‑91 (MQ=255) cAACTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACa > 2:5055954/1‑91 (MQ=255) gtgacgaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCaa > 1:2091238‑M1/89‑91 (MQ=255) gtgacgaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCaa > 2:5427431‑M1/89‑91 (MQ=255) aCTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACaaa > 1:414796/1‑91 (MQ=255) aCTGATAATAAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACaaa > 1:1206280/1‑91 (MQ=255) cgaacgtattacaagtcatagtttctgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATag > 1:6630441‑M1/85‑91 (MQ=255) cgaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATag > 1:566699‑M1/85‑91 (MQ=255) cgaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATag < 2:6674186‑M1/7‑1 (MQ=255) cgaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATag < 1:4321982‑M1/7‑1 (MQ=255) gaacgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATaga > 2:4829799‑M1/84‑91 (MQ=255) gaaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATaga < 2:1624792‑M1/8‑1 (MQ=255) ataataAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATaga < 1:457080/91‑1 (MQ=255) ataataAAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATaga < 2:2671420/91‑1 (MQ=255) taataaAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATagag < 1:622731/91‑1 (MQ=255) aaagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATagag < 1:3327439‑M1/9‑1 (MQ=255) acgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATAGAGc > 2:5460756‑M1/82‑91 (MQ=255) aataaAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGc < 2:795861/91‑1 (MQ=255) aataaAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGc < 1:801832/91‑1 (MQ=255) aagaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATAGAGc > 1:6109173‑M1/82‑91 (MQ=255) cgtattacaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATAGAGcc < 2:4654520‑M1/11‑1 (MQ=255) ataaAGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGcc < 2:1049141/91‑1 (MQ=255) agaataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggatacagCAAATAGAGcc > 2:320356‑M1/81‑91 (MQ=255) taataactagccatcttttttgtagctttggttgtgaaaagacgggtagttttaacagcttctgttgttaaggattcagCAAATAGAGccc > 2:6087840‑M1/80‑91 (MQ=255) aGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCttt > 2:6807565/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCttt < 1:1530045/91‑1 (MQ=255) acaagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATAGAGCCCTTTCa > 1:5950138‑M1/75‑91 (MQ=255) gtTCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAgg > 1:3396961/1‑91 (MQ=255) aagtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATAGAGCCCTTTCAgg > 1:2366571‑M1/73‑91 (MQ=255) agtcatagtttatgtactcctggttgtgctaagactggtagttttaatagcttctgctgttaagattacagCAAATAGAGCCCTTTCAGGc > 2:3313509‑M1/72‑91 (MQ=255) tCTAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGct > 1:3078557/1‑91 (MQ=255) tAATCATACAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGctct < 1:4767210/91‑1 (MQ=255) aCAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCt < 2:3602853/91‑1 (MQ=255) cAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTg > 1:6889066/1‑91 (MQ=255) cAAATACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTg < 1:2771103/91‑1 (MQ=255) aaaTACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGt < 1:5580436/91‑1 (MQ=255) aaTACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTa > 1:1718872/1‑91 (MQ=255) tACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAAt < 1:3254442/91‑1 (MQ=255) tACTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAAt > 2:6795280/1‑91 (MQ=255) cTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCt > 1:2192890/1‑91 (MQ=255) cTTGACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCt > 1:4074080/1‑91 (MQ=255) gACGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTaa < 1:2544687/91‑1 (MQ=255) cGGTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAAca < 2:2282821/91‑1 (MQ=255) ggtCGTAAATAGGGGTCATTTGGAAGCGCCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAAcagc < 2:1928395/89‑1 (MQ=25) gTTCGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAAcagc < 2:5655797/91‑1 (MQ=255) cGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGa > 1:4995327/1‑91 (MQ=255) cGTAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGa < 1:3144422/91‑1 (MQ=255) tAAATAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAg < 1:3642563/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGc > 1:2931576/1‑91 (MQ=255) tAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGCTAt < 1:1021877/91‑1 (MQ=255) tAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGCTAt < 2:3795047/91‑1 (MQ=255) tAGTGTTCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGCTAt < 2:2052082/91‑1 (MQ=255) ttCATTTGTAAGCACCTCACATATTTGAATAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAATCTTAACAGCAGAAGCTATTaaaa > 2:4056696/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |