| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087015 | 348 (0.970) | 22 (0.070) | 14/142 | NT | 6.3% | intergenic (‑166/‑519) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087021 | 350 (1.110) | intergenic (‑172/‑513) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein | |||||
Only 100 of 549 total aligned reads displayed.
ACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAAACAATATAACACATATACATTGATTTGGAAAGCGCAAAAATAAATTTAATATACTAGCCCGAAG > USA300TCH1516_ALE/2086925‑2087105 | cTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAt < 2:6993008‑M1/91‑2 (MQ=255) cTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAt < 1:5723957‑M1/91‑2 (MQ=255) cTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAc < 2:2922482/91‑1 (MQ=255) cTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAAAAAAAAAAGGTAAGCAc < 2:786127/91‑1 (MQ=255) tatataGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACAGACCTTATAGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAcc < 1:6934928/91‑1 (MQ=255) tataGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAtttc < 1:3050610‑M1/91‑5 (MQ=255) ataGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAtttcg < 2:2409596‑M1/91‑6 (MQ=255) ataGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGaa > 1:1000470/1‑91 (MQ=255) taGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGaaa > 1:5504855/1‑91 (MQ=255) taGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGaaa > 1:1119548/1‑91 (MQ=255) taGAGCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATTAAATTGACATACCTTATTGTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAAGCAtttcgg < 2:200401‑M1/91‑7 (MQ=255) aGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAtttcggt < 1:2887610‑M1/91‑8 (MQ=255) gATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGAAATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCAtttcggtg < 2:4058502‑M1/91‑9 (MQ=255) aTCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAtgc < 2:233600‑M2/91‑4 (MQ=255) 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tattaAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACAGAACTGCTTACCTa > 2:4319904/1‑91 (MQ=255) ttaAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACt < 1:5024104/91‑1 (MQ=255) ttaAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTAAAAAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACt < 2:1597468/91‑1 (MQ=255) ttaAAGGAAAATAAAAAAAATATTAAATAGAAATACCTTATTGTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACt < 2:6507768/91‑1 (MQ=255) taAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGACATGCTTACCTACtt > 1:191820/1‑91 (MQ=255) aaaTGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTc > 1:6061673/1‑91 (MQ=255) aaTGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTcc < 2:387443/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTccc < 1:2527605/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |