New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087015 | 348 (0.970) | 22 (0.070) | 14/142 | NT | 6.3% | intergenic (‑166/‑519) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2087021 | 350 (1.110) | intergenic (‑172/‑513) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
Only 100 of 466 total aligned reads displayed.
TAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAAACAATATAACACATATACATTGATTTGGAAAGCGCAAAAATAAATTTAATATACTAGCCCGAAGGGGAGC > USA300TCH1516_ALE/2086931‑2087111 | taGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGaaa > 1:1119548/1‑91 (MQ=255) taGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGaaa > 1:5504723/1‑91 (MQ=255) tcttctTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAtgct > 2:4058788‑M2/1‑87 (MQ=255) tcttctTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAtgct > 1:5433540‑M2/1‑87 (MQ=255) tcttctTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAtgct < 2:5898649‑M2/91‑5 (MQ=255) cttcttATTAAATGAAAAATAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTAAAAATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAtgctt > 2:3614835‑M2/1‑86 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |