| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 239 (0.670) | 9 (0.030) | 7/138 | NT | 4.0% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 222 (0.720) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAAC > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687561 | cATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCA > 1:4933473‑M1/1‑91 (MQ=255)aacaaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaa > 2:1341439‑M1/91‑91 (MQ=255) acaaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaa < 1:1107512‑M1/2‑1 (MQ=255) acaaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaa < 2:5357507‑M1/2‑1 (MQ=255) aaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaa > 2:4758762‑M1/88‑91 (MQ=255) aCAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAA < 2:6802152‑M1/91‑1 (MQ=255) aggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaaa > 2:1302495‑M1/87‑91 (MQ=255) ggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAAt < 2:5532427‑M1/6‑1 (MQ=255) aGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 2:2897334‑M1/1‑91 (MQ=255) gaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATg > 2:5290011‑M1/85‑91 (MQ=255) gaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATg < 1:4386554‑M1/7‑1 (MQ=255) gACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:3455882‑M1/1‑91 (MQ=255) gACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:3291390‑M1/1‑91 (MQ=255) gACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:2054562‑M1/1‑91 (MQ=255) gACGTTAAACATGTGGATATAGATCTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG < 1:6625692‑M1/91‑1 (MQ=255) aCGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGA < 2:2275715‑M1/91‑1 (MQ=255) aaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAg < 1:5065502‑M1/9‑1 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa > 2:6287090‑M1/81‑91 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa > 1:32120‑M1/81‑91 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa > 1:3488311‑M1/81‑91 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa < 2:3734903‑M1/11‑1 (MQ=255) tAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAt > 2:4437561/1‑91 (MQ=255) tAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAt > 1:4781225/1‑91 (MQ=255) aaCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCa > 1:1022174/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg > 2:2786701/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg > 2:1484788/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg > 2:706156/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg < 2:2137569/91‑1 (MQ=255) cATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAgg < 1:1190524/91‑1 (MQ=255) aTGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGt < 2:5786766/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:688148/91‑1 (MQ=255) gATATAGCTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggc < 1:5535307‑M1/91‑12 (MQ=255) gATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGccc > 2:6634531/1‑91 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCt > 1:2653865/1‑91 (MQ=255) tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCtt < 1:3733046/91‑1 (MQ=255) tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCtt > 2:466715/1‑91 (MQ=255) gATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCt > 1:3682508/1‑91 (MQ=255) taatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:2221575‑M1/63‑91 (MQ=255) aTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:3859527/1‑91 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg > 2:2418387‑M2/1‑89 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg < 2:683485‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:2003336‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:930796‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:2924013‑M2/1‑88 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct < 1:2776030‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct < 2:6482542‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 2:4983156‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 2:1949955‑M2/1‑87 (MQ=255) gtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTc > 1:2093360‑M1/58‑91 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctc < 2:6588323‑M2/91‑6 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctc < 1:4625979‑M2/91‑6 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctc > 1:137751‑M2/1‑86 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGGCGTAAAAGGTAAATAAGGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctc < 2:3078106‑M1/91‑24 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcat < 2:597283‑M2/91‑8 (MQ=255) gATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatt < 1:5902828‑M2/91‑9 (MQ=255) aaCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcattttt < 1:3757897‑M2/91‑12 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt > 1:5333458/1‑91 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt < 1:6197943/91‑1 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt < 2:5604561/91‑1 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTa > 2:4037533/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:1852255/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatta < 2:5172042/91‑1 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatta > 1:305314/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCCGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat < 2:4141914/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattatt < 2:2391466/91‑1 (MQ=255) tCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTAttt > 2:5065502/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 2:3164963/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 2:3945522/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 1:3974265/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCt > 1:2562627/1‑91 (MQ=255) aaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTg < 2:188129/91‑1 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaa > 1:3562246/1‑91 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaa > 1:1555187/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAACGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 1:6136391/1‑91 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 1:5196205/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCCTCAGGTCGCCCATGCCTGTGCTCATTTTTTTGATTATTTCCCTCGaacct > 1:5833215/1‑88 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACTTATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 1:6778212/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 2:875895/1‑91 (MQ=255) 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tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt > 2:3522836/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 2:3623391/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 1:77936/1‑91 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 1:2632960/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 2:6940160/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 2:1393857/91‑1 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 1:6369294/1‑91 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTGCCCAGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt < 2:3682508/91‑1 (MQ=255) gcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTcc < 1:4058499/91‑1 (MQ=255) cagcAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:6176151/88‑1 (MQ=255) cATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca > 2:1215764/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcaca < 1:1742083/91‑1 (MQ=255) cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 1:2381935/1‑91 (MQ=255) cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 2:4310828/1‑91 (MQ=255) | CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAAC > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |