| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 239 (0.670) | 9 (0.030) | 7/138 | NT | 4.0% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 222 (0.720) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
ACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTT > USA300TCH1516_ALE/2687421‑2687601 | aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt < 1:3014744/91‑1 (MQ=255)aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt < 2:2094824/91‑1 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTa > 2:4037533/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt < 2:130861/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:1852255/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatta > 1:305314/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat > 2:2196460/1‑91 (MQ=255) tCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTAttt < 2:4867823/91‑1 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 1:3974265/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 2:3164963/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTcc > 1:5414193/1‑91 (MQ=255) aaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTgg < 1:587793/91‑1 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAATATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATCTCCCTGGaa < 2:1116796/91‑1 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 1:26098/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACAACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 2:2015374/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt > 1:1503243/1‑91 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt > 1:1169890/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 2:6348571/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 2:875895/1‑91 (MQ=255) aTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGa > 2:5180079/1‑91 (MQ=255) aaCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAtt > 1:6552586/1‑91 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTc > 2:6547454/1‑91 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg < 1:3139937/91‑1 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg < 1:2722560/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCTCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt < 2:6976945/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt > 1:5325388/1‑91 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt > 2:3523237/1‑91 (MQ=255) ttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgtg < 2:1555187/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc > 1:2314032/1‑91 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc < 1:5902354/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc < 2:4244745/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTAGCTGTGTGc > 2:6630243/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct > 1:3301901/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 2:2404869/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:1722167/91‑1 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 1:77936/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 2:6162026/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 2:3623391/1‑91 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 2:6939756/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 1:6193008/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 2:1393857/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 1:6794344/91‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttct < 2:5135469/91‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttct > 1:1922968/1‑91 (MQ=255) tctcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg < 2:6180077/88‑1 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctt > 1:6456440/1‑90 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 1:2020963/1‑91 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 1:6369294/1‑91 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 2:3933052/1‑91 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt > 1:6739291/1‑91 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTGCCCAGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt < 2:3682508/91‑1 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 2:1640243/1‑91 (MQ=255) cgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCtgttctgttc < 1:3417425/91‑1 (MQ=255) cgcATCAAAAAAAAACATCAAATCGCCCTTGCCTGTACACAATTTTTTAATTATTTCCCTGAAAAATAATTCGCTGTAAGCtgttctattc > 2:5603256/1‑91 (MQ=255) 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aGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAAt < 1:62215/91‑1 (MQ=255) cGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTca > 1:3734903/1‑91 (MQ=255) gCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTcac > 1:2806800/1‑91 (MQ=255) cccTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTcaca > 2:6410504/1‑91 (MQ=255) ccTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACAt > 1:1417538/1‑91 (MQ=255) ccTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACAt > 2:4366477/1‑91 (MQ=255) gCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTAc < 1:3951049/91‑1 (MQ=255) gCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTAc < 1:4322168/91‑1 (MQ=255) 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ttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCtt > 1:1067200‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCtt > 2:4758762‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCtt > 1:3837388‑M2/5‑91 (MQ=255) ttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGt < 2:5357507‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGtt < 2:5039782‑M2/90‑1 (MQ=255) ttAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGttt > 1:4887492/1‑91 (MQ=255) | ACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTT > USA300TCH1516_ALE/2687421‑2687601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |