| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2696548 = | 357 (1.000) | 11 (0.040) | 9/140 | NT | 3.4% | intergenic (+100/‑140) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2696587 = | 310 (0.990) | intergenic (+139/‑101) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 485 total aligned reads displayed.
GAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCT > USA300TCH1516_ALE/2696458‑2696638 | gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa > 1:1291885/1‑91 (MQ=255)gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa > 2:1114315/1‑91 (MQ=255)cctgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaa < 2:1208784‑M1/1‑1 (MQ=255) ctgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaag < 1:1061367‑M1/2‑1 (MQ=255) ctgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaag > 2:102961‑M1/90‑91 (MQ=255) aaTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTag > 2:2946759/1‑91 (MQ=255) tgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga < 2:560254‑M1/3‑1 (MQ=255) tgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga > 2:6887446‑M1/89‑91 (MQ=255) tgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga > 1:271661‑M1/89‑91 (MQ=255) tgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga > 2:6129680‑M1/89‑91 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:2760110/91‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag < 2:5336735/91‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagaga < 1:3928832/91‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagaga > 1:4527359/1‑91 (MQ=255) 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aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc < 2:1984544/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCa > 2:4050246/1‑91 (MQ=255) aGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCa > 2:5997708/1‑91 (MQ=255) gTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCaa < 1:2219538/91‑1 (MQ=255) tCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAAt < 1:786332/91‑1 (MQ=255) tCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAAt < 1:3575604/91‑1 (MQ=255) aTTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGt > 2:4665945/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGCCGTGCaaaca < 2:3625608/91‑4 (MQ=255) 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cATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctt < 1:4838619/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATTGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGAAAAGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:4243230/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 1:3522777/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:2684585/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 1:6038914/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATGAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:778234/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctttt > 1:3112102/1‑91 (MQ=255) tCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctttt < 1:4164836/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctttt > 2:5132672/1‑91 (MQ=255) ccTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTctttttcttttt < 1:6647434/91‑1 (MQ=255) tAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 1:1854102/91‑1 (MQ=255) aaTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAt > 1:5766535/1‑91 (MQ=255) aaTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAt < 1:4553243/91‑1 (MQ=255) aaTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAt > 1:4362737/1‑91 (MQ=255) atatTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAtt < 2:4503084/91‑1 (MQ=255) atatTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAtt > 2:2307090/1‑91 (MQ=255) 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tgtaGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGAAGTGTTTGCAGGGCAATCTCTCGTTTTCATTTTATAATTGGTAAACGTAAAACGAAACAAt > 1:5838285/3‑91 (MQ=255) ataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt < 2:6318062/91‑1 (MQ=255) ataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt > 1:4237832/1‑91 (MQ=255) ataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt > 1:2085603/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACt < 2:5792648/91‑1 (MQ=255) aTGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACt > 1:3376504/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACt < 1:1934240/91‑1 (MQ=255) tGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACtt > 2:5631985/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |