| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699315 | 183 (0.510) | 12 (0.040) | 8/144 | NT | 6.8% | intergenic (+219/‑72) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699322 | NA (NA) | intergenic (+226/‑65) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2699225‑2699405 | acacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAt < 2:4448001/91‑1 (MQ=37) cacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATc < 2:2740550/91‑1 (MQ=35) acTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCt > 1:3536358/1‑91 (MQ=34) aCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAGTTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAgcgaag < 2:611591‑M1/91‑7 (MQ=255) tttACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAgcgaagatcc < 1:5605222‑M1/91‑11 (MQ=255) gCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAtcttcgctccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataat > 1:832531‑M1/1‑47 (MQ=255) tAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTg > 2:6451540/1‑91 (MQ=31) aaTTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTTATTATT‑TATAATAATTAGTgg < 1:1063258/91‑1 (MQ=1) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc < 2:5007096/91‑1 (MQ=33) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc > 1:2531646/1‑91 (MQ=33) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc < 1:1840956/91‑1 (MQ=33) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc > 2:3701405/1‑91 (MQ=33) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc < 2:247856/91‑1 (MQ=33) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAACAAGTGGc > 1:5571991/1‑91 (MQ=18) actattatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGc < 2:3344274/89‑1 (MQ=18) ttattaTAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGct < 1:4238296/91‑1 (MQ=34) ttattaTAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGct < 2:522658/91‑1 (MQ=34) tattatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctc < 2:4626622/91‑1 (MQ=35) tattatAAAGAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctc < 2:3205800/91‑1 (MQ=25) attatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctct > 2:1924183/1‑91 (MQ=37) attatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctct > 2:5667274/1‑91 (MQ=37) attatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctct > 1:2830581/1‑91 (MQ=37) attatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGctct > 2:5426997/1‑91 (MQ=37) tataAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaa > 1:6378907/1‑91 (MQ=255) tataAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaa < 1:6273954/91‑1 (MQ=39) tataAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaa > 1:5124826/1‑91 (MQ=39) ataaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaaa < 1:5698391/91‑1 (MQ=40) aggaatgatAAGTACACTTCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACGAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaaa < 1:5855610/88‑1 (MQ=14) taaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaaaa < 2:381531/91‑1 (MQ=255) taaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaaaa > 1:2873319/1‑91 (MQ=255) aaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAag < 1:3485603/91‑1 (MQ=255) aaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAag > 2:4302660/1‑91 (MQ=255) aaataaTAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAag < 2:2301567/91‑1 (MQ=255) aataatAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAagg < 1:2046419/91‑1 (MQ=255) aataatAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAagg < 1:6819919/91‑1 (MQ=255) taataaGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAaggag < 1:4543984/91‑1 (MQ=255) ataaGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGt < 1:871028/91‑1 (MQ=255) aaGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGa < 1:3794785/91‑1 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTaaaa > 2:1515375/1‑82 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGaa < 1:4851448/91‑1 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGaa > 2:1989376/1‑91 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGaa > 1:4688543/1‑91 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGaa > 2:5770954/1‑91 (MQ=255) aGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGaa < 1:2425212/91‑1 (MQ=255) gTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAAt > 1:6041466/1‑91 (MQ=255) gTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAAt > 2:5624937/1‑91 (MQ=255) acacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGc > 2:3931827/1‑91 (MQ=255) acacGACGGTGTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAAGTATTATA‑AATAATAAGTGGCGCTAAAAGGAGGTGAATGc > 2:1076239/1‑91 (MQ=17) acTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTa > 2:1158131/1‑91 (MQ=255) cTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTAt > 1:1802369/1‑91 (MQ=255) tACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATg > 2:89084/1‑91 (MQ=255) aCGGCTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGt > 2:2957536/1‑91 (MQ=255) cGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTc < 1:1318923/91‑1 (MQ=255) ggTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTca > 2:128852/1‑91 (MQ=255) gTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcac < 1:1205466/91‑1 (MQ=255) gTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcac > 1:6574145/1‑91 (MQ=255) gTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcac < 1:549151/91‑1 (MQ=255) gTTTACAGGTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcac < 2:1202660/91‑1 (MQ=255) tttACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca < 2:731732/91‑1 (MQ=255) tttACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca < 1:5643632/91‑1 (MQ=255) tACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAg > 2:3466492/1‑91 (MQ=255) gcggttgGAgcgaaggtacaactgtaaaccgtagtgtacttattagttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaac < 2:5391240‑M1/88‑83 (MQ=255) aCAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGa < 1:535514/91‑1 (MQ=255) aCAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGa < 1:4820268/91‑1 (MQ=255) cAGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaact > 2:5082863‑M1/1‑8 (MQ=255) cAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGaa > 1:764955/1‑91 (MQ=255) cAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGaa > 1:1881489/1‑91 (MQ=255) tgtTTGAgagaagatccaactgtaatccttagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 2:333349‑M1/90‑85 (MQ=255) tgtTGGAgcgaaggtctaactgtacttcgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 2:2588756‑M1/90‑85 (MQ=255) aGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 1:3347837‑M1/91‑85 (MQ=255) aGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 1:3684782‑M1/91‑85 (MQ=255) aGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 1:1018069‑M1/91‑85 (MQ=255) aGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg > 1:697409‑M1/1‑7 (MQ=255) aGTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactg < 1:95032‑M1/91‑85 (MQ=255) tttgGTgcgatgatccaactgtaatccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt < 2:4846280‑M1/90‑86 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt > 1:4096994‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt > 2:1736654‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt > 1:2742827‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt > 1:2927745‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgt > 2:4076228‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTGGAgcgaagatccaactgtaaaccggagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatacaactgt > 2:6682087‑M1/1‑6 (MQ=255) ttGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgta > 1:4258352‑M1/1‑5 (MQ=255) tGGAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaa > 1:919971‑M1/1‑4 (MQ=255) tGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAAttt > 1:2225906/1‑91 (MQ=255) tGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAAttt > 2:557124/1‑91 (MQ=255) ggAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaa < 1:2350463‑M1/91‑89 (MQ=255) ggAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaa > 2:1316656‑M1/1‑3 (MQ=255) gAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaac < 1:4491771‑M1/91‑90 (MQ=255) gAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaac > 2:6775199‑M1/1‑2 (MQ=255) gAgcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggcgcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaac > 2:3232231‑M1/1‑2 (MQ=255) gATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTa < 1:1540809/91‑1 (MQ=255) gATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTa < 1:3934663/91‑1 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaacc > 2:2196853‑M1/1‑1 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaacc > 1:2269675‑M1/1‑1 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaacc < 1:2797781‑M1/91‑91 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaacc < 1:1363161‑M1/91‑91 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatttataataattagtggctcttatgcagttggagcgaagatccaactgtaaacc > 1:5937284‑M1/1‑1 (MQ=255) agcgaagatccaactgtaaaccgtagtgtacttattatt < 2:2851998‑M1/39‑39 (MQ=255) aTCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTaa < 2:5453553/91‑1 (MQ=255) aTCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTaa < 1:3041175/91‑1 (MQ=255) | TACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATA‑AATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2699225‑2699405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |