New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 2699315183 (0.510)12 (0.040) 8/144 NT 6.8% intergenic (+219/‑72) copA/copZ Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ
?USA300TCH1516_ALE = 2699322 NA (NA)intergenic (+226/‑65) copA/copZ Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

TAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGA  >  USA300TCH1516_ALE/2699274‑2699412
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                                             tCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGt     >  2:3616973/1‑91 (MQ=255)
                                              cGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAACAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGtt    >  2:790028/1‑91 (MQ=255)
                                              cGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGtt    >  1:4689724/1‑91 (MQ=255)
                                               gCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTg   <  1:3659129/91‑1 (MQ=255)
                                                cTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGa  >  1:3388725/1‑91 (MQ=255)
                                                |                                                                                          
TAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGA  >  USA300TCH1516_ALE/2699274‑2699412

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.