| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2733754 = | 361 (1.010) | 9 (0.030) | 8/146 | NT | 2.8% | intergenic (+67/+62) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2733788 = | 304 (0.930) | intergenic (+101/+28) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
TTAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2733664‑2733844 | tgaatgaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggg < 2:16163‑M1/1‑1 (MQ=255)tgaatgaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggg < 2:6557121‑M1/1‑1 (MQ=255) tAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGc < 2:3070179/91‑1 (MQ=255) tAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGc < 2:4824960/91‑1 (MQ=255) aatgaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGcc < 1:545005‑M1/3‑1 (MQ=255) aatgaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGcc > 1:6989250‑M1/89‑91 (MQ=255) aaTCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGcc < 1:6688279/91‑1 (MQ=255) atgaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGCca < 1:2834867‑M1/4‑1 (MQ=255) aTCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCca > 1:6773308/1‑91 (MQ=255) tCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCcac > 2:2613098/1‑91 (MQ=255) gaagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGCcaca > 2:578175‑M1/86‑91 (MQ=255) cATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCcaca > 1:2436538/1‑91 (MQ=255) aagataatgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGCCacac > 2:2679047‑M1/85‑91 (MQ=255) ttCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACg > 2:5807389/1‑91 (MQ=255) ttCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACg > 2:5204349/1‑91 (MQ=255) ttCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACg > 2:136813/1‑91 (MQ=255) ttCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACg < 1:4699352/91‑1 (MQ=255) tCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGc < 2:5975089/91‑1 (MQ=255) cTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCtt < 1:256836/91‑1 (MQ=255) atgtcattattgaaatgattcatgaaaaagaaaatacgatagtgttataaaattaaatagccatcaataataaaaaggGCCACACGCTTgg > 1:3523017‑M1/79‑91 (MQ=255) aTCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTgg < 1:6468690/91‑1 (MQ=255) gTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAAt > 1:1788829/1‑91 (MQ=255) tAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCt < 2:5418206/91‑1 (MQ=255) tAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCt < 2:6347381/91‑1 (MQ=255) tAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCt < 2:2862401/91‑1 (MQ=255) tGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGCTAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTaaa < 2:6787847/91‑1 (MQ=255) tGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTaaa > 2:1897009/1‑91 (MQ=255) tatGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCa < 1:325497/91‑1 (MQ=255) agcaATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGgtg < 1:859064/91‑1 (MQ=255) gcaATTACGGTTGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGTACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGgtgt < 2:6972185/91‑1 (MQ=255) gcaATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACCAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGgtgt > 1:5801559/1‑91 (MQ=255) gcaATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGgtgt < 1:2941060/91‑1 (MQ=255) caATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGtgtg > 1:2047788/1‑91 (MQ=255) caATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGtgtg > 1:5916555/1‑91 (MQ=255) tACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGccc < 2:396650/91‑1 (MQ=255) tACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGccc < 1:5703819/91‑1 (MQ=255) aaaaagaaaatacgatagtgttatataattaaatagccatcaataataaaaaggGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCt > 2:4227‑M1/55‑91 (MQ=255) aCGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCt > 1:3094369/1‑91 (MQ=255) aCGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCt < 1:2656780/91‑1 (MQ=255) cGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCtt < 2:6886053/91‑1 (MQ=255) tCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCttttt < 1:6350950/91‑1 (MQ=255) cGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACTAAGGTGTGGACCTTTtta > 2:5263680/1‑91 (MQ=255) cGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTtta > 2:109673/1‑91 (MQ=255) gCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttat < 1:3702739/91‑1 (MQ=255) gCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttat < 2:1198379/91‑1 (MQ=255) cTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttatt < 1:1015733/91‑1 (MQ=255) cTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTttatt > 2:78974/1‑91 (MQ=255) tGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTg > 2:4539651/1‑91 (MQ=255) gATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGa > 2:850651/1‑91 (MQ=255) gATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGa > 2:228253/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGAt > 1:1447526/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGAt > 1:4565476/1‑91 (MQ=255) aaaaGTGACATAGTGTTAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAGTCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGc < 2:4114038/91‑1 (MQ=255) aaaaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGc > 2:5099526/1‑91 (MQ=255) aaaaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGc < 2:1956681/91‑1 (MQ=255) aaaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCt > 2:2926097/1‑91 (MQ=255) aaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTa < 2:3427824/91‑1 (MQ=255) aaGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTa < 2:4587562/91‑1 (MQ=255) gTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTAtt < 2:170301/91‑1 (MQ=255) gTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTAtt < 1:363959/91‑1 (MQ=255) gACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTa > 1:6149608/1‑91 (MQ=255) gACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTa > 2:3590775/1‑91 (MQ=255) 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ggACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTCTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAacac > 2:3794170/1‑91 (MQ=255) cTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTAt < 2:914158/91‑1 (MQ=255) cTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTAt < 2:5655236/91‑1 (MQ=255) gTATAACGAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCg < 1:5566586/91‑1 (MQ=255) gTATAACAAGAGCAAGCCAAACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATAGCTATTTAATTTTATAACACTATCg > 2:6498564/1‑91 (MQ=255) tataACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGt < 2:1783846/91‑1 (MQ=255) tataACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGt < 2:2061951/91‑1 (MQ=255) aaataataaaaaggGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGt > 2:2769048‑M1/15‑91 (MQ=255) ataACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTa < 2:3234624/91‑1 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt < 1:1121720/91‑1 (MQ=255) taACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAt < 1:1225711/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCGCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtt < 1:5254658/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtt < 1:51203/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtt < 1:1989532/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAGAGCCACACGCTTGGAATCTTAATCCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 2:6174066/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 1:6189203/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 2:4268618/1‑91 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 2:6110045/1‑91 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt < 1:4857064/91‑1 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 2:4692573/1‑91 (MQ=255) aCAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAttt > 1:4209541/1‑91 (MQ=255) cAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTAtttt < 2:3375138/91‑1 (MQ=255) agagAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCt > 2:3011280/1‑91 (MQ=255) agagAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCt < 1:4030341/91‑1 (MQ=255) aaaGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCttttt < 2:4362256/91‑1 (MQ=255) aaGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTc > 1:2698305/1‑91 (MQ=255) aGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCa > 2:1538604/1‑91 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt < 1:2381360‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt < 1:163435‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAt > 2:2492764‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTAATCATTCCTATCGTTAATTGATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGGACTGTATAACAAGAGAAAGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGCCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2733664‑2733844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |