| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2751374 | 349 (0.980) | 10 (0.030) | 6/146 | NT | 3.0% | intergenic (‑222/+39) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2751393 | 333 (1.020) | intergenic (‑241/+20) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
ACTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGT > USA300TCH1516_ALE/2751284‑2751464 | aCTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTG > 1:923121‑M1/1‑91 (MQ=255) cTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAgtgt > 2:6425718/1‑91 (MQ=255) tAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTc > 2:1758278/1‑91 (MQ=255) aaCAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCt < 2:2688656/91‑1 (MQ=255) cAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtg < 1:6456957/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg > 1:4007097/1‑91 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 1:2105923/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 1:3230442/91‑1 (MQ=255) tAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTgtgt > 1:4496085/1‑91 (MQ=255) tAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTgtgt < 1:3443521/91‑1 (MQ=255) aaTGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGtt < 2:2621467/91‑1 (MQ=255) aaTGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGtt < 2:6098151/91‑1 (MQ=255) tGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaaga < 2:719421‑M1/91‑12 (MQ=255) tGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCt < 1:5654482/91‑1 (MQ=255) tGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTGCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTCGTGTTCt < 1:6730612/91‑1 (MQ=255) gAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCtt < 2:2276016/91‑1 (MQ=255) aatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgt > 1:3083702/1‑80 (MQ=255) aatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAAt < 2:2178920/91‑1 (MQ=255) atCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATg < 1:5575864/91‑1 (MQ=255) tCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaaga < 2:4125907‑M1/91‑20 (MQ=255) cTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGc < 1:3819462‑M2/91‑2 (MQ=255) tATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGca < 1:2441739‑M2/91‑3 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaagacac < 2:1956206‑M1/91‑23 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaagacac < 1:615058‑M1/91‑23 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 1:87185‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 1:5938626‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac < 1:3300782‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 2:3393064‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 2:3909393‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTATTACAATGGccc < 2:3592614‑M2/91‑4 (MQ=255) ttCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcac > 2:3039916‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCtt < 2:4544688/91‑1 (MQ=255) tGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCt < 1:5444144/91‑1 (MQ=255) gCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTa > 2:3234481/1‑91 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTaa > 2:3014157/1‑91 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTaa > 2:3798323/1‑91 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTaa < 2:6832860/91‑1 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTACTTACAATGGCATTAACCTTATCTaa > 1:5268991/1‑91 (MQ=255) gTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAt < 1:1160301/91‑1 (MQ=255) gTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAt > 1:4382181/1‑91 (MQ=255) tAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAtttt > 1:5734242/1‑91 (MQ=255) tCCAAATTATCACTCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAt < 2:4642991/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAt < 1:2017756/91‑1 (MQ=255) aaTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGc > 2:4727479/1‑91 (MQ=255) aTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCt < 1:4802351/91‑1 (MQ=255) aTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCt < 2:519841/91‑1 (MQ=255) tcaatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAAc < 1:2913428/91‑1 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 2:3514777/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 2:6281093/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa < 2:4329767/91‑1 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGAGAGAGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 2:1669870/1‑91 (MQ=255) atcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCaa > 1:4603823/1‑91 (MQ=255) tcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAAt > 1:2793921/1‑91 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc < 1:2670457/91‑1 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc < 2:5238182/91‑1 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc < 1:1376059/91‑1 (MQ=255) cATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCAc > 2:1031059/1‑91 (MQ=255) tttCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTa > 2:1564496/1‑91 (MQ=255) tCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAt < 2:248326/91‑1 (MQ=255) tCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAt > 2:204134/1‑91 (MQ=255) cGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAtt > 1:2616187/1‑91 (MQ=255) gCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTTTTTTTTTTTCCAATTCACTAATtg > 2:3708275/1‑91 (MQ=255) 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taCAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttg > 1:5010783/1‑91 (MQ=255) aaaacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtat < 1:4324802/91‑1 (MQ=255) aaaacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtat < 1:6605001/91‑1 (MQ=255) aaaacaaaGTGAGTGTCTAGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTTCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtat < 2:819156/91‑1 (MQ=255) aaacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtatt > 2:5427516/1‑91 (MQ=255) aacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtattt < 1:1758278/91‑1 (MQ=255) aacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCCAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtattt > 1:6498553/1‑91 (MQ=255) acaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtatttg > 2:2664394/1‑91 (MQ=255) acaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtatttg > 1:4648055/1‑91 (MQ=255) caaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgtatttgt > 2:5052861/1‑91 (MQ=255) aaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGtt < 1:6984135/91‑1 (MQ=255) aaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTa > 1:3628143/1‑91 (MQ=255) aaGTGAGTGACTTGTGATCTTACAATGGCACCCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGCATTCGTATTTGTTa > 1:6410548/1‑91 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa < 2:1131381/91‑1 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa > 2:5332737/1‑91 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa < 2:4037698/91‑1 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa < 1:5149708/91‑1 (MQ=255) gtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaa > 2:4443504/1‑91 (MQ=255) gtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaa < 1:1244559/91‑1 (MQ=255) tgagtgccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaat < 2:1391097‑M1/91‑86 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa < 2:4829196/91‑1 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa < 2:556232/91‑1 (MQ=255) agtgccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatca > 2:3368775‑M1/1‑4 (MQ=255) agtgccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatca > 2:2788255‑M1/1‑4 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg < 1:1650812/91‑1 (MQ=255) tgccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgctgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcata < 1:5360218‑M1/91‑90 (MQ=255) tgccattgtaagaacacaagacactcactttgtcttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaagatgaatcata > 1:6957665‑M1/1‑2 (MQ=255) gtCTTGTGTTCTTACAATGGTACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATgtgt < 2:5809208/91‑1 (MQ=255) gccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcatag < 2:6914445‑M1/91‑91 (MQ=255) gccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcatag > 1:4432133‑M1/1‑1 (MQ=255) | ACTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGT > USA300TCH1516_ALE/2751284‑2751464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |