| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 34 = | 553 (0.420) | 36 (0.030) | 18/146 | NT | 5.1% | intergenic (–/‑198) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | 65 = | 830 (0.690) | intergenic (–/‑167) | –/repA | –/replication protein A | |||||
Only 100 of 1826 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 | atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaa < 2:6561859‑M1/35‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa > 1:1745964‑M1/89‑91 (MQ=255) ttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTCTAATAAACTTAATATAACAAAAAc < 1:6609410‑M1/37‑1 (MQ=255) ttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAc > 1:2032607‑M1/55‑91 (MQ=255) ttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAc < 1:3159477‑M1/4‑1 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcc < 1:5219408‑M1/38‑1 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcc > 2:6051035‑M1/54‑91 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcc < 1:2384728‑M1/38‑1 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc < 1:991078‑M1/39‑1 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc > 2:4947537‑M1/86‑91 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc < 1:1629861‑M1/40‑1 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc > 1:5526404‑M1/52‑91 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc > 2:1433089‑M1/52‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:2854958‑M1/85‑91 (MQ=255) 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ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 2:5808746‑M1/48‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:4037645‑M1/49‑1 (MQ=255) actaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTgg > 1:4241401‑M1/76‑91 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa < 1:109824‑M1/51‑1 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAAt < 1:1009003‑M1/53‑1 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAAt < 2:3392‑M1/53‑1 (MQ=255) acccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATa > 1:3789220‑M1/38‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg > 1:4364027‑M1/37‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg < 1:190656‑M1/55‑1 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg < 1:2947574‑M1/55‑1 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg < 2:4605747‑M1/55‑1 (MQ=255) ttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 1:3040257‑M1/34‑91 (MQ=255) ttattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 1:151044‑M1/67‑91 (MQ=255) ttattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgctttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 2:4166093‑M1/67‑91 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 1:4922689‑M1/59‑1 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 2:6179987‑M1/59‑1 (MQ=255) ataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaa < 1:2509748‑M1/35‑1 (MQ=255) ataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAAtagtctggg < 1:6305666‑M1/61‑5 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt > 2:5616739‑M1/29‑91 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt > 2:2676739‑M1/29‑91 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg < 2:4037544‑M1/66‑1 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg > 1:1371180‑M1/26‑91 (MQ=255) tatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGta > 1:4579314‑M1/24‑91 (MQ=255) tatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGta > 1:4454382‑M1/24‑91 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa < 2:2566974‑M1/69‑1 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 1:6084291‑M1/22‑91 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat < 2:3643167‑M1/70‑1 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 1:3434161‑M1/22‑91 (MQ=255) attttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaata > 2:853279‑M1/21‑91 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 2:5228482‑M1/72‑1 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 2:434972‑M1/76‑1 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 1:3307206‑M1/76‑1 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 1:2753216‑M1/76‑1 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTa > 1:6557968‑M1/12‑91 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTa > 2:2088258‑M1/12‑91 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag > 2:3032668‑M1/11‑90 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa < 1:1217048‑M1/82‑1 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 2:7005631‑M1/9‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa < 1:5636594‑M1/84‑1 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:4140239‑M1/7‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |