New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 64 | 914 (0.700) | 27 (0.040) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
14/94 | NT | 9.2% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– |
Only 100 of 1563 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCAC > CP000731/1‑147 | aagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGttt > 1:62880‑M1/28‑91 (MQ=255) aagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGttt > 1:3319679‑M1/28‑91 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg > 1:6602154‑M1/27‑91 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg > 1:946303‑M1/26‑91 (MQ=255) ctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGt > 1:3085837‑M1/25‑91 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 1:6084291‑M1/22‑91 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat < 1:2787294‑M1/70‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 2:500204‑M1/72‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 1:3193363‑M1/72‑1 (MQ=255) tttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATaaa > 2:831640‑M1/19‑91 (MQ=255) tcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAAc > 1:186850‑M1/17‑91 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg > 1:4432533‑M1/16‑91 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 2:3613460‑M1/76‑1 (MQ=255) ccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGt < 1:4077605‑M1/77‑1 (MQ=255) ttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTTCTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGttt > 2:4221808‑M1/13‑91 (MQ=255) ttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGttt < 1:466551‑M1/79‑1 (MQ=255) ttttataagtttATTTAAACTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGttt > 1:5363094‑M1/13‑91 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAGCTTAATATAACAAAAACCCCGACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTa > 2:248111‑M1/12‑91 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag < 1:2693361‑M1/81‑2 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa < 2:6549252‑M1/82‑1 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 2:7005631‑M1/9‑91 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 2:1142309‑M1/9‑91 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 1:2299230‑M1/9‑91 (MQ=255) aagtttATTTAACGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGTTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 2:5642742‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:2031218‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:810938‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 2:1707830‑M1/7‑91 (MQ=255) agtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAACAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt < 2:4099534‑M1/86‑1 (MQ=255) gtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTg < 1:2553700‑M1/87‑1 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 2:5230270‑M1/88‑1 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 2:2001704‑M1/88‑1 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt > 2:6332494‑M1/4‑91 (MQ=255) tttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttat > 2:2114702/1‑91 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta < 1:2444701/91‑1 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta < 2:17930/91‑1 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta > 1:1475691/1‑91 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat > 1:6430148/1‑91 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat < 1:1599360/91‑1 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTACTCTAACAAAATCCCCAACTACTCGTAACAGTCGGACCTTGGTAATAACCCGTTCAGAACCTGTTTATTcata > 2:6833053/1‑91 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtata > 2:1572201/1‑91 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtata > 2:2996694/1‑91 (MQ=255) gTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 2:3782669/91‑1 (MQ=255) gTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACGACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 1:3002440/91‑1 (MQ=255) gTGCTAGAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 2:6413797/91‑1 (MQ=255) cTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTGATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt < 2:5717978/91‑1 (MQ=255) cTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt < 1:756796/91‑1 (MQ=255) ataataAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAttt < 1:681321/91‑1 (MQ=255) ataataAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAAAAGTCGGGGTTTTGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTCTATTTATATAAttt > 1:5822298/1‑91 (MQ=255) taataaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATGTAAtttt > 1:5530908/1‑91 (MQ=255) aaaCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGAt < 1:1247621/91‑1 (MQ=255) aCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATAc > 1:3444208/1‑91 (MQ=255) ttAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACtt < 2:1256265/91‑1 (MQ=255) tAATATAACAGAAACCCCAACTACTGGAAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg < 2:1451596/91‑1 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGATTATTTATATAATTTTCGATACTTg > 1:3787200/1‑91 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt < 2:3119953/91‑1 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt < 1:2897168/91‑1 (MQ=255) atatAACAAATACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTCTATAATTTTCTATACTTGta > 2:3451561/1‑91 (MQ=255) atatAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGta > 1:6551698/1‑91 (MQ=255) atatAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGta < 2:2379928/91‑1 (MQ=255) tataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtat < 1:6181357/91‑1 (MQ=255) ataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTAGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatt < 1:5777071/91‑1 (MQ=255) taACAAAATCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta < 1:3656969/91‑1 (MQ=255) taACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 1:5678606/1‑91 (MQ=255) taACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 1:4566292/1‑91 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtata < 2:4605713/91‑1 (MQ=255) cAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatat < 1:1012271/91‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatata < 2:2212523/91‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatata < 2:4363985/91‑1 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa < 2:5465577/91‑1 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa > 2:6113101/1‑91 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa < 2:3978892/91‑1 (MQ=255) AAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAt > 1:3521258‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattatgtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagcttt > 2:4697673‑M1/1‑30 (MQ=255) AACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATg > 1:5961359‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGa < 2:1886077‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaa < 2:2779651‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat < 1:3921528‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaata < 1:6727859‑M1/91‑1 (MQ=255) cAACTACTGGCAATAGCCGGGGTTTttgttatattaagttgattatagcactttaaataaacttataaacgggaaaatatagctttaccaa > 1:2236181‑M1/1‑25 (MQ=255) CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaataa > 2:5361779‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaataa > 2:5101787‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaataa > 1:1130598‑M1/1‑91 (MQ=255) actactGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAataata > 2:5901662/1‑91 (MQ=255) actactGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAataata < 1:4881449/91‑1 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCtt < 1:1712754/91‑1 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCtt < 2:6230223/91‑1 (MQ=255) ggTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAg < 2:4824236/91‑1 (MQ=255) ggTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAg > 1:4021393/1‑91 (MQ=255) gTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGt > 2:673458/1‑91 (MQ=255) tAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTg < 1:5181668/91‑1 (MQ=255) tAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTg > 1:4299231/1‑91 (MQ=255) tctAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATCATATCTTAGTGc > 2:4481353/3‑91 (MQ=255) aaTAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAg < 1:1359734/88‑1 (MQ=255) aaTAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGc > 2:6001168/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |