| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 914 (0.700) | 27 (0.040) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
14/94 | NT | 9.2% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
Only 100 of 1582 total aligned reads displayed.
ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 | ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa < 1:110501‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 2:715970‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt > 1:976346‑M2/1‑88 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt > 1:3732071‑M2/1‑88 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt < 2:5363094‑M2/91‑4 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 2:3909120‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt < 2:526751‑M2/91‑5 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta > 2:2037316‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACGCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 1:6800796‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag > 1:4134669‑M2/1‑83 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:75989‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:4018017‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTATATGATATTAATCAAGGGTTTATAAACACATGCTAAAGATATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc < 1:5250189‑M2/91‑12 (MQ=255) gggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGATTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgcta < 2:4140239‑M2/91‑14 (MQ=255) ggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctat > 2:4633227‑M2/1‑77 (MQ=255) gTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctata > 1:1004690‑M2/1‑76 (MQ=255) tttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 2:3327944‑M2/1‑75 (MQ=255) tttATGAAAGCTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAATCCCTTGATAAAGCTATATGTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 1:6954792‑M2/1‑75 (MQ=255) ttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGATTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataat < 1:483207‑M2/91‑18 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata > 1:2905256‑M2/1‑73 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata > 2:3232978‑M2/1‑73 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa > 2:2526874‑M2/1‑71 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa < 2:297012‑M2/91‑21 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataa > 1:2133560‑M2/1‑71 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 2:112798‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac < 2:1651425‑M2/91‑22 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 2:5804231‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac < 2:800257‑M2/91‑22 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac < 1:3890476‑M2/91‑22 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 1:1969245‑M2/1‑70 (MQ=255) aaaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaact > 2:5609558‑M2/1‑69 (MQ=255) aaaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaact > 2:6793848‑M2/1‑69 (MQ=255) aGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactta < 1:3001401‑M2/91‑25 (MQ=255) ggTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCGTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaa < 2:3378403‑M2/91‑26 (MQ=255) gTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaat < 2:6072860‑M2/91‑27 (MQ=255) gTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaat < 2:4788711‑M2/91‑27 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat > 1:424059‑M2/1‑63 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat > 2:3505563‑M2/1‑63 (MQ=255) tATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatata > 2:5707348‑M2/1‑62 (MQ=255) tATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatata < 1:4985319‑M2/91‑30 (MQ=255) tATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctata > 1:326120‑M2/1‑62 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataa < 2:4415096‑M2/91‑31 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataa < 1:5442489‑M2/91‑31 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataa > 2:428019‑M2/1‑61 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgttataataaacttaatataaa < 2:452405‑M2/91‑32 (MQ=255) gATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataaca < 2:6534946‑M2/91‑33 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa < 2:6652524‑M2/91‑34 (MQ=255) acgtagggtTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccc > 1:866945‑M2/5‑52 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccc > 1:669023‑M2/1‑52 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccc < 2:1248909‑M2/91‑40 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:4516734‑M2/1‑51 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:5809704‑M2/1‑51 (MQ=255) cAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccca < 1:3642749‑M2/91‑42 (MQ=255) cAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccca < 2:1813550‑M2/91‑42 (MQ=255) cAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccca < 1:1862971‑M2/91‑42 (MQ=255) aaGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaa < 2:5931062‑M2/91‑43 (MQ=255) agagTTTATAAACACTTGATAAAGCTATATTTTCCCTATTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacaaaataaaaaaaaaaccccaac > 2:5440067‑M2/1‑48 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac > 2:6352531‑M2/1‑48 (MQ=255) ggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaacta > 1:2773130‑M2/1‑46 (MQ=255) gTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactac < 1:1642624‑M2/91‑47 (MQ=255) ttATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactg < 1:3412441‑M2/91‑49 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:153631‑M2/91‑50 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggta > 1:6444268‑M2/1‑40 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacctaatataacaaaaaccccaactactggta < 1:5673431‑M2/91‑52 (MQ=255) aaaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccag > 1:5093965‑M2/1‑39 (MQ=255) aaaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaa < 2:1920957‑M2/91‑53 (MQ=255) aaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaat < 1:2670461‑M2/91‑54 (MQ=255) aaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaat > 2:1428152‑M2/1‑38 (MQ=255) aCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaata < 1:4672496‑M2/91‑55 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag < 2:2393891‑M2/91‑56 (MQ=255) 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cccTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacg < 1:2588581‑M2/91‑77 (MQ=255) cccTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacg > 1:4432533‑M2/1‑15 (MQ=255) cTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaataaccacaactactagtaatagtcggtgtttggtaataaaacgtt < 2:3078869‑M2/91‑79 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa < 1:6293270‑M2/91‑84 (MQ=255) gTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactg > 2:5111497‑M2/1‑4 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgcttagaaactgt < 2:2813766‑M2/91‑89 (MQ=255) | ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |