| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 12000 = | 852 (0.650) | 34 (0.030) | 20/136 | NT | 5.4% | intergenic (+163/+60) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 12030 = | 466 (0.420) | intergenic (+193/+30) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1714 total aligned reads displayed.
TTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACA > CP000731/11910‑12090 | atactaatattgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatatta > 2:6535422‑M1/91‑91 (MQ=255) tattaatattgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaa > 2:6184097‑M1/90‑91 (MQ=255) tactaatattgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaa < 2:3828898‑M1/2‑1 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 2:6962949/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:3036477/1‑91 (MQ=255) tGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaaa > 1:4487904/1‑91 (MQ=255) aatattgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaa < 1:295919‑M1/6‑1 (MQ=255) gTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAg < 1:4283033/91‑1 (MQ=255) tattgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGc > 2:4555656‑M1/84‑91 (MQ=255) tCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGc > 1:4579205/1‑91 (MQ=255) cACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATACTAACACAAGAAAAAAGCg > 1:6878104/1‑91 (MQ=255) cACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCg < 1:2028715/91‑1 (MQ=255) attgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCg > 2:3248246‑M1/83‑91 (MQ=255) ttgttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCGt < 2:2635500‑M1/10‑1 (MQ=255) aCTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGt > 1:3961532/1‑91 (MQ=255) aCTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGt < 1:4088100/91‑1 (MQ=255) aCTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGt < 2:586750/91‑1 (MQ=255) gttgacgagtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCGTAc < 1:2386794‑M1/12‑1 (MQ=255) gTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAtt > 2:916966/1‑91 (MQ=255) agtattattactgtagtttcagttaatgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCGTACAAATTCg > 2:6085906‑M1/73‑91 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 2:1043579/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 1:6027363/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |