New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000731 | 12000 = | 852 (0.650) | 34 (0.030) | 20/136 | NT | 5.4% | intergenic (+163/+60) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
? | CP000731 | 12030 = | 466 (0.420) | intergenic (+193/+30) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
Only 100 of 1571 total aligned reads displayed.
CTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATA > CP000731/11940‑12120 | gACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaat < 1:6490575/91‑1 (MQ=255) aCAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaata < 2:656354/91‑1 (MQ=255) aCAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaata > 2:6084300/1‑91 (MQ=255) gCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataa < 2:3861069/91‑1 (MQ=255) cGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataat > 2:5644975/1‑91 (MQ=255) gTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataata < 1:1555474/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATAc < 1:1366629/91‑1 (MQ=255) TAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCt < 1:4743667‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCt > 2:6820708‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGt < 2:489172‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGttt < 2:2944365‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGttt > 1:6721451‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTc > 1:3623211‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTc > 2:1340602‑M1/1‑91 (MQ=255) 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AATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAAt > 2:4780200‑M1/1‑91 (MQ=255) AATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAAt < 1:2863314‑M1/91‑1 (MQ=255) AATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAAt < 2:2106326‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATg < 2:2223624‑M1/91‑1 (MQ=255) tatTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGa < 1:2195514/91‑1 (MQ=255) tatTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGa < 1:6999359/91‑1 (MQ=255) tatTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTATTTCACTAATgc > 2:4532548/1‑90 (MQ=255) acttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGa < 2:4995660‑M1/55‑1 (MQ=255) atTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGaa > 1:6373551/1‑91 (MQ=255) atTTTCCAGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGTGTACAAATTCGTACGCTGTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGaa < 1:5552624/91‑1 (MQ=255) tttCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACg > 2:1243069/1‑91 (MQ=255) taaaacgttcattagtgaaacaggtattatattAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACg < 1:2994247‑M1/58‑1 (MQ=255) tCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGtt < 1:4333449/91‑1 (MQ=255) tCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGtt > 2:2814998/1‑91 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGttt > 2:2755216/1‑91 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGttt > 1:3278546/1‑91 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGttt > 2:527589/1‑91 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGttt > 1:899353/1‑91 (MQ=255) tGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTa < 1:4105062/91‑1 (MQ=255) gTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTaa > 1:1886963/1‑91 (MQ=255) gTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTaa < 2:1623018/91‑1 (MQ=255) ttatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATGCCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAg < 2:1768134‑M2/78‑1 (MQ=255) ttatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAg < 1:3709571‑M2/78‑1 (MQ=255) tatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGt < 2:346222‑M2/79‑1 (MQ=255) tatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGt < 1:1766582‑M2/79‑1 (MQ=255) tatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGt < 1:4422746‑M2/79‑1 (MQ=255) gatattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGGACAAATTCGAACGCTTTTTTAATAAAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTatg < 2:3328188‑M2/82‑2 (MQ=255) gagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATc < 2:6478166‑M2/82‑1 (MQ=255) agattttaATAATAACACGAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCt < 1:5403347‑M2/83‑1 (MQ=255) agttaaacatgtattatattaaaaaagcgtacaaattcgtacgcttttttAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCtt < 2:4328115‑M2/41‑1 (MQ=255) ttttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtca < 1:3386614‑M2/86‑1 (MQ=255) ttttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtca < 2:5969602‑M2/86‑1 (MQ=255) 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ataataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAtt < 1:3183197/91‑1 (MQ=255) ataataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAtt > 2:5421386/1‑91 (MQ=255) ataataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAtt > 1:4219316/1‑91 (MQ=255) ataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAAc > 1:6074810/1‑91 (MQ=255) aaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTg < 1:6270360/91‑1 (MQ=255) acacAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGa > 1:4863760/1‑91 (MQ=255) acacAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGa > 1:498269/1‑91 (MQ=255) acacAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGa > 1:6878896/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |