| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 378 (1.060) | 21 (0.080) +TACATTATAAAATACATATC |
7/120 | NT | 6.9% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTT > USA300TCH1516_ALE/1802982‑1803129 | ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 1:1793761/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 2:3058114/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 2:3916360/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 1:4349506/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 2:5119117/1‑91 (MQ=255) tATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaa < 1:4536779/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg < 2:5245363/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |