New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1430185 = | 323 (0.900) | 15 (0.050) | 9/140 | NT | 5.6% | intergenic (+294/‑566) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1430212 = | 228 (0.730) | intergenic (+321/‑539) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
AGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTA > USA300TCH1516_ALE/1430122‑1430302 | gggCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGgt > 2:398776/1‑91 (MQ=255) gCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGgtgt < 2:2497303/91‑1 (MQ=255) ccTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTc > 1:611617/1‑91 (MQ=255) cTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTcc < 1:1031384/91‑1 (MQ=255) tAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCt > 2:6025410/1‑91 (MQ=255) ggCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCtttt > 2:6456809/1‑91 (MQ=255) ggCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCtttt > 2:4662455/1‑91 (MQ=255) ggCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCtttt < 2:1622494/91‑1 (MQ=255) ggCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCtttt > 1:4111284/1‑91 (MQ=255) aTTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttat < 2:332593/91‑1 (MQ=255) aTTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttat < 1:5941581/91‑1 (MQ=255) aTTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttat > 1:5831497/1‑91 (MQ=255) ttGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttatt < 1:912969/91‑1 (MQ=255) ttGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttatt < 2:2100810/91‑1 (MQ=255) ttGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttatt < 1:1413799/91‑1 (MQ=255) gATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttatttt < 1:4485782/91‑1 (MQ=255) aTTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTttttatttta > 1:5903760/1‑91 (MQ=255) tCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTttattttatt > 2:1872326/1‑91 (MQ=255) tGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTAttttt > 1:1824183/1‑91 (MQ=255) gTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAAATGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTAtttttt > 1:6950000/1‑91 (MQ=255) ccGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTaa > 1:3191103/1‑91 (MQ=255) cGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTG‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTAtttttttat > 2:5081411/1‑88 (MQ=255) cGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAac > 1:3579075/1‑91 (MQ=255) cGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAac < 1:6025410/91‑1 (MQ=255) cGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAac > 2:2362939/1‑91 (MQ=255) cGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAac > 1:399189/1‑91 (MQ=255) gagaCTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAaca > 1:2289295/1‑91 (MQ=255) agaCTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAacac > 2:2225191/1‑91 (MQ=255) agaCTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAacac < 2:5188492/91‑1 (MQ=255) gaCTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAAcaca < 1:796250/91‑1 (MQ=255) aCTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACAt < 1:3171866/91‑1 (MQ=255) atatTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAg > 1:3046417/1‑91 (MQ=255) atatTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAg > 2:6707152/1‑91 (MQ=255) tatTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGc < 2:3411073/91‑1 (MQ=255) tatTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGc > 1:4317139/1‑91 (MQ=255) ttCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCAt < 1:3620717/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCAt > 2:1179880/1‑91 (MQ=255) cAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAg < 2:1809894/91‑1 (MQ=255) cAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAg > 1:2808100/1‑91 (MQ=255) aaTTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGt < 1:206989/91‑1 (MQ=255) aTAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAacac < 1:2362939/91‑1 (MQ=255) aTAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATACTCAacac > 2:5520393/1‑91 (MQ=255) tAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATTGTGTACAcc > 2:5421132/1‑91 (MQ=255) gACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACAcccc > 1:1916848/1‑91 (MQ=255) gACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACAcccc > 2:6370101/1‑91 (MQ=255) gACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACAcccc < 1:6255299/91‑1 (MQ=255) aaataaaaaggacacCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt > 1:2353969‑M1/16‑91 (MQ=255) aCATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt < 2:1749998/91‑1 (MQ=255) aCATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt > 2:2697093/1‑91 (MQ=255) aCATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt < 1:1762490/91‑1 (MQ=255) aCATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt > 1:4984044/1‑91 (MQ=255) aCATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCt < 1:5318702/91‑1 (MQ=255) cATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTTTTTTATTTTTTAATACATCAGAATAGTGAACACCCCtt > 1:2236168/1‑91 (MQ=255) cATTAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCtt < 1:2875361/91‑1 (MQ=255) tAACTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTtctc > 2:2163863/1‑91 (MQ=255) aaaggacacCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTCACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCGCTa < 1:6494633‑M1/82‑1 (MQ=255) aCTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTa < 2:3489759/91‑1 (MQ=255) cTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTaa > 1:1511218/1‑91 (MQ=255) cTGGGCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTaa > 1:6640141/1‑91 (MQ=255) gggCGTCTCGAAGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTaatt > 2:6942621/1‑89 (MQ=255) ggCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAAtt < 1:5477836/91‑1 (MQ=255) ggCGTCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAAtt < 1:125097/91‑1 (MQ=255) 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tataGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGc < 2:4317139/91‑1 (MQ=255) tagcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAt < 2:1455473‑M2/81‑1 (MQ=255) tagcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAt > 1:3789066‑M2/11‑91 (MQ=255) tagcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAt < 2:835431‑M2/81‑1 (MQ=255) gcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTa < 2:611617‑M2/83‑1 (MQ=255) atcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTaaa < 1:457804‑M2/85‑1 (MQ=255) atcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTaaa > 2:6144327‑M2/7‑91 (MQ=255) tcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAGATTACAAATACAGTTATCAACGCATTacaa > 2:6919593‑M2/6‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |