BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	1662000 =	341 (0.950)	16 (0.050)	15/136	NT	5.7%	intergenic (‑87/+68)	USA300HOU_RS08275/rpmG2_2	5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2
*	?	USA300TCH1516_ALE	1662039 =	240 (0.790)	16 (0.050)	15/136	NT	5.7%	intergenic (‑126/+29)	USA300HOU_RS08275/rpmG2_2	5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2

Only 100 of 434 total aligned reads displayed.

ATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCAA  >  USA300TCH1516_ALE/1661949‑1662129

aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt                                                                                            <  1:2567975/91‑1 (MQ=255)

    attattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTg                                                                                        <  1:5081070/91‑1 (MQ=255)

       attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa                                                                                     >  2:4804118/1‑91 (MQ=255)

       attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCCCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa                                                                                     >  1:3661032/1‑91 (MQ=255)

         ttCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaat                                                                                   >  2:3845727/1‑91 (MQ=255)

          tCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatt                                                                                  <  2:1532315/91‑1 (MQ=255)

          tCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatt                                                                                  <  1:23769/91‑1 (MQ=255)

             aTTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaa                                                                               >  2:4359003/1‑91 (MQ=255)

             aTTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaa                                                                               >  1:4005106/1‑91 (MQ=255)

               tGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAATAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaat                                                                             <  1:5783231/91‑1 (MQ=255)

                gAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaatt                                                                            <  2:5915042/91‑1 (MQ=255)

                aaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaatt                                                                            >  1:834781‑M1/36‑91 (MQ=255)

                 aataatcattaaaattaaatttaaattaacaataaaaaaggtgaaacctcttattttgagatttcacctttttTATTGTTaatttaaattt                                                                           <  2:5681079‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt                                                                           <  1:6724848/91‑1 (MQ=255)

                  aaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattta                                                                          >  2:1865537/1‑91 (MQ=255)

                  aaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattta                                                                          >  1:6168375/1‑91 (MQ=255)

                    aTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaat                                                                        >  2:4606941/1‑91 (MQ=255)

                     tCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAACCCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaatt                                                                       >  2:4717962/1‑91 (MQ=255)

                        tttATCATTTCATACGTCTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttta                                                                    >  1:5289892/1‑91 (MQ=255)

                        tttATCATTTCATACATGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTAAGATTTCACCTTTTTTATTTTTAATTTAAAtttaatttta                                                                    <  2:3315474/91‑1 (MQ=255)

                         ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa                                                                   >  1:3163709/1‑91 (MQ=255)

                          tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat                                                                  >  1:677430/1‑91 (MQ=255)

                          tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat                                                                  <  1:5606618/91‑1 (MQ=255)

                          tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat                                                                  >  1:1086028/1‑91 (MQ=255)

                            tCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGa                                                                <  1:2053396/91‑1 (MQ=255)

                             cATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTTAAACCTCTTAGTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGat                                                               <  2:4984959/91‑1 (MQ=255)

                             cATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGat                                                               <  1:3514769/91‑1 (MQ=255)

                             cATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGat                                                               >  2:6162184/1‑91 (MQ=255)

                              aTTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGatt                                                              <  1:6039997/91‑1 (MQ=255)

                              aTTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGatt                                                              >  2:5232776/1‑91 (MQ=255)

                                ttCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattat                                                            <  2:806452/91‑1 (MQ=255)

                                ttCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattat                                                            <  2:4922246/91‑1 (MQ=255)

                                 tCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattatt                                                           >  2:1779472/1‑91 (MQ=255)

                                 tCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattatt                                                           >  1:1779809/1‑91 (MQ=255)

                                  cATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTAttt                                                          >  1:3844047/1‑91 (MQ=255)

                                    tACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTTACCTTTTTTATTGTTATTTTAAATTTAATTTTAATGATTAttttt                                                        >  2:227479/1‑90 (MQ=255)

                                    tACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTg                                                        <  1:947345/91‑1 (MQ=255)

                                    tACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTg                                                        <  1:1998752/91‑1 (MQ=255)

                                      cGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGtt                                                      >  2:1612014/1‑91 (MQ=255)

                                       gtgtGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGttt                                                     >  2:122625/1‑91 (MQ=255)

                                        tgtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTc                                                    >  1:1303006/1‑91 (MQ=255)

                                        tgtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTc                                                    >  2:68299/1‑91 (MQ=255)

                                         gtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCa                                                   <  1:1649325/91‑1 (MQ=255)

                                         gtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCa                                                   >  1:3100960/1‑91 (MQ=255)

                                          ttaacaataaaaaaggtgaaatctcaaaataagaggtttcacctttttAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCAc                                                  >  2:264361‑M2/49‑91 (MQ=255)

                                            cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCATCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg                                                <  2:2511937/91‑1 (MQ=255)

                                            cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg                                                >  1:2255988/1‑91 (MQ=255)

                                            cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg                                                >  1:6110025/1‑91 (MQ=255)

                                             aTAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgt                                               >  2:3823383/1‑91 (MQ=255)

                                              tAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtg                                              >  2:2821808/1‑91 (MQ=255)

                                              tAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtg                                              >  1:4951341/1‑91 (MQ=255)

                                              tAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATCTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtg                                              <  2:6483820/91‑1 (MQ=255)

                                               aaTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtgt                                             <  2:3669415/91‑1 (MQ=255)

                                                aTTAAATAGGTTAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTa                                            <  2:4541241/91‑1 (MQ=255)

                                                aTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTa                                            >  1:4716465/1‑91 (MQ=255)

                                                  tAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaaa                                          >  2:5504329/1‑91 (MQ=255)

                                                   AAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAg                                         <  2:2449786‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                    AAAATGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgt                                        >  2:6058003‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                    AAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgt                                        >  2:2012664‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                     AAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtt                                       <  2:1109267‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                       AGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttg                                     <  1:6265079‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                       AGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttg                                     <  1:5694583‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                        ggtgaaatctcaaaataagaggtttcacctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgt                                    >  2:2094617‑M2/35‑91 (MQ=255)

                                                         GTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtt                                   <  2:5326723‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                         GTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtt                                   >  2:508806‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                         GTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtt                                   <  1:4083007‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                          TGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgttt                                  <  1:280023‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                          TGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgttt                                  >  1:1424284‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                           ttAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttg                                 >  2:582710‑M1/3‑91 (MQ=255)

                                                           GAAACCTCTTATTTTGATATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttg                                 >  2:579739‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                           GAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttg                                 >  1:2966181‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                            AAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgt                                <  2:2595456‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                             AACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgtt                               <  1:4888172‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              >  2:3574378‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              <  1:6460268‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              <  2:3413005‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              >  1:6917971‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              <  1:514664‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                              ACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgtttgtttgttt                              <  2:2713106‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                               ccTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACTGTGTAAAGTTTGTTTGtttt                             >  2:4000270/1‑91 (MQ=255)

                                                                   aaaataagaggtttcacctttttTATTTTTTTTTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTTTTTCACGGTGTATAGTTTGTTTGTTTTCACg                         >  2:296972‑M2/24‑91 (MQ=255)

                                                                      ttttGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGa                      <  1:6488934/91‑1 (MQ=255)

                                                                       tttGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGaa                     >  1:2183714/1‑91 (MQ=255)

                                                                       tttGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGaa                     >  1:4544032/1‑91 (MQ=255)

                                                                        ttGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAAc                    <  1:6851168/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACa                   <  2:4097962/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACa                   <  1:6903344/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACa                   >  2:6391261/1‑91 (MQ=255)

                                                                          gagaTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAg                  <  1:5461406/91‑1 (MQ=255)

                                                                          gagaTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAg                  <  2:3068177/91‑1 (MQ=255)

                                                                           agaTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGa                 >  2:1434576/1‑91 (MQ=255)

                                                                           agaTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGa                 <  1:329884/91‑1 (MQ=255)

                                                                              tttcaccgttttTATTCTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTGTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAAtt              <  2:6662971‑M2/79‑1 (MQ=255)

                                                                                 cacctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATttct           <  1:1537440‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                   cctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATttcttc         <  1:1907355‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                   cctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATttcttc         >  1:4182799‑M2/8‑91 (MQ=255)

                                                                                   cctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGCTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATttcttc         >  1:4371729‑M2/8‑91 (MQ=255)

                                                                                     tttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCAt       <  2:5230290‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                         tTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCa   >  2:3211766‑M2/2‑91 (MQ=255)

                                                                                         tTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCa   <  2:751795‑M2/90‑1 (MQ=255)

ATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCAA  >  USA300TCH1516_ALE/1661949‑1662129

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.