BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	2731249 =	346 (0.970)	17 (0.060)	11/138	NT	5.8%	intergenic (+45/+36)	USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060	hypothetical protein/hypothetical protein
*	?	USA300TCH1516_ALE	2731282 =	254 (0.830)	17 (0.060)	11/138	NT	5.8%	intergenic (+78/+3)	USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060	hypothetical protein/hypothetical protein

Only 100 of 422 total aligned reads displayed.

ATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTTT  >  USA300TCH1516_ALE/2731193‑2731372

 tCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatt                                                                                          >  1:2990874/1‑91 (MQ=255)

  ccAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTGATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCATGCCttattt                                                                                         >  1:6957113/1‑91 (MQ=255)

   caacaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatttt                                                                                        >  1:3124594/1‑91 (MQ=255)

     acaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttat                                                                                      >  2:4595003/1‑91 (MQ=255)

      caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATCTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt                                                                                     >  2:6762617/1‑91 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    >  1:6259057/1‑91 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    <  1:4857146/91‑1 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    <  1:4787100/91‑1 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    >  2:4191048/1‑91 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    >  1:3363242/1‑91 (MQ=255)

       aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg                                                                                    >  1:227546/1‑91 (MQ=255)

         taatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGta                                                                                  <  2:3995318/91‑1 (MQ=255)

         taatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGta                                                                                  >  1:1849141/1‑91 (MQ=255)

          aatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGtat                                                                                 >  1:5074083/1‑91 (MQ=255)

            tGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTatat                                                                               >  2:5385717/1‑91 (MQ=255)

             gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAtt                                                                              >  1:5176506/1‑91 (MQ=255)

                 ttGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTa                                                                          <  2:2745232/91‑1 (MQ=255)

                  tGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTaa                                                                         <  2:6470656/91‑1 (MQ=255)

                   gATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAAt                                                                        >  1:1447339/1‑91 (MQ=255)

                    aTAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAAtt                                                                       <  1:3784490/91‑1 (MQ=255)

                       aaGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATc                                                                    <  2:1280959/91‑1 (MQ=255)

                       aaGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATc                                                                    >  2:3219418/1‑91 (MQ=255)

                         gATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGt                                                                  >  1:6739180/1‑91 (MQ=255)

                         gATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGt                                                                  <  2:4900560/91‑1 (MQ=255)

                             tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt                                                              >  2:3959261/1‑91 (MQ=255)

                             tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt                                                              >  2:3729011/1‑91 (MQ=255)

                              cATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTg                                                             >  1:1936808/1‑91 (MQ=255)

                               aTTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTgg                                                            >  1:2000403/1‑91 (MQ=255)

                                tttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGc                                                           >  2:5696642/1‑91 (MQ=255)

                                tttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGc                                                           <  1:5124947/91‑1 (MQ=255)

                                tttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGc                                                           >  2:2257010/1‑91 (MQ=255)

                                      aaacTTATTGTAGTTAGCACGGCAAGCCACTCTCGGTTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga                                                     <  2:6630379/88‑1 (MQ=255)

                                      aaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga                                                     <  1:5930716/91‑1 (MQ=255)

                                      aaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga                                                     >  2:1395434/1‑91 (MQ=255)

                                      aaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga                                                     <  2:1946383/91‑1 (MQ=255)

                                       aaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTCTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgat                                                    >  1:5358923‑M1/18‑91 (MQ=255)

                                       aGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGcc                                                          <  1:3197436/85‑1 (MQ=255)

                                        gCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgatt                                                   >  1:5652245/1‑91 (MQ=255)

                                        gCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgatt                                                   <  2:4674347/91‑1 (MQ=255)

                                         cTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattg                                                  >  1:456169/1‑91 (MQ=255)

                                         cTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattg                                                  >  2:6025905/1‑91 (MQ=255)

                                          ttATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattga                                                 >  2:560923/1‑91 (MQ=255)

                                             tGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACaa                                              >  1:849173/1‑91 (MQ=255)

                                             tGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACaa                                              >  2:5866359/1‑91 (MQ=255)

                                               ttATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATc                                            >  2:3379759/1‑91 (MQ=255)

                                               ttATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATc                                            >  2:70562/1‑91 (MQ=255)

                                               ttATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATc                                            <  1:6077051/91‑1 (MQ=255)

                                                 aTTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGt                                          >  1:1136653/1‑91 (MQ=255)

                                                  tttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTa                                         <  1:4156330/91‑1 (MQ=255)

                                                   ttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTAt                                        <  2:4134683/91‑1 (MQ=255)

                                                     aGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTa                                      >  2:3143523/1‑91 (MQ=255)

                                                      gcaaggcaagCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaa                                     >  2:3335925/1‑91 (MQ=255)

                                                      gcaaggcaagCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaa                                     >  1:769423/1‑91 (MQ=255)

                                                        acGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTGGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  2:5562755‑M1/3‑91 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  2:1195618‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  2:6941492‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   <  2:1737215‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   <  1:2952175‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  1:5818683‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  2:3402545‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                         aggcaagccatgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAAt                                  >  1:2710378‑M2/33‑91 (MQ=255)

                                                          GGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATg                                 <  1:3956677‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                          GGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATg                                 >  1:2850515‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                          GGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATg                                 <  2:2289857‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                           GCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGc                                >  2:4438273‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                             AAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCt                              >  1:4433564‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                CCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttat                           <  2:3578092‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                CCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttat                           <  2:5925239‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                   tgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        >  2:5292777‑M2/23‑91 (MQ=255)

                                                                   ctctCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        <  1:4955683/91‑1 (MQ=255)

                                                                   ctctCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        <  2:2594810/91‑1 (MQ=255)

                                                                    tctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAg                       <  1:2533871/91‑1 (MQ=255)

                                                                    gaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTTAAATGTCTTATtaat                       >  2:6225472‑M2/22‑90 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  1:424010/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  2:1849141/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      >  2:5487811/1‑91 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  2:5012649/91‑1 (MQ=255)

                                                                     aatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      >  1:1693662‑M2/21‑91 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     >  1:3655233/1‑91 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     <  1:6216090/91‑1 (MQ=255)

                                                                        gATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCaa                   >  2:1565820/1‑91 (MQ=255)

                                                                          ttCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACt                 >  2:1075646/1‑91 (MQ=255)

                                                                             gtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTg              >  2:1420344‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                              tggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGt             <  1:216090‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                              tggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGt             <  1:5572171‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  2:455583‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  1:5910386‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  1:6657540‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  2:4334860‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                 cttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCta          <  1:6139143‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtat         <  1:1015873‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtat         <  2:6429038‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtat         >  1:2611941‑M2/8‑91 (MQ=255)

                                                                                   tgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtata        <  1:5735458‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    gccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATAc       <  2:1683829‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                      cttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACgg     >  1:1566385‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    <  2:2885708‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    >  1:6352932‑M2/3‑91 (MQ=255)

                                                                                        tATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGtt   <  1:3534953‑M2/90‑1 (MQ=255)

                                                                                        tATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGtt   <  1:1202314‑M2/90‑1 (MQ=255)

ATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTTT  >  USA300TCH1516_ALE/2731193‑2731372

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.