New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2740979 | 316 (0.880) | 18 (0.060) | 12/132 | NT | 5.8% | intergenic (+21/+60) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2741001 | 321 (1.090) | intergenic (+43/+38) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
Only 100 of 476 total aligned reads displayed.
AGACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAG > USA300TCH1516_ALE/2740911‑2741091 | aGACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGAtgt < 1:6241693/91‑1 (MQ=255) gACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTg < 1:5661281‑M2/91‑2 (MQ=255) gACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTg > 2:3386078‑M2/1‑90 (MQ=255) gACATTCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTg < 1:2091342‑M2/91‑2 (MQ=255) ttCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaa > 1:5752448‑M2/1‑86 (MQ=255) ttCTAAGAAAAATGACGTAGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAAATAAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTggaaa < 1:4136500‑M2/91‑6 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |