| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2866995 | 314 (0.880) | 10 (0.030) | 9/134 | NT | 3.4% | intergenic (‑394/+59) | USA300HOU_RS14695/noc_2 | hypothetical protein/Nucleoid occlusion protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2867006 | 306 (1.030) | intergenic (‑405/+48) | USA300HOU_RS14695/noc_2 | hypothetical protein/Nucleoid occlusion protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
CATTGATTTATGTACCAGCCTGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCA > USA300TCH1516_ALE/2866916‑2867096 | ttGATTTATGTACCAGCCTGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTag < 1:1352456‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGATTTATGTACCAGCCTGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAA‑C‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTagc < 2:4506895‑M2/91‑4 (MQ=255) tGATTTATGTACCAGCCTGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTagc > 1:2857971‑M2/1‑88 (MQ=255) tGATTTATGTACCAGCATGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTagc > 2:1895043‑M2/1‑88 (MQ=255) gATTTATGTACCAGCCTGATCAACATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTagct > 1:1662698‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTTATGTACCAGCCTTATCAACATATAAATATAAATTTTTATTTTTAACAAAAAAA‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTagctt > 2:1921615‑M2/1‑86 (MQ=255) 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cATATAAATATAAATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGtcatc < 1:4489360/91‑1 (MQ=255) atataaatataaATTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGtcatca < 1:3440257/91‑1 (MQ=255) taaatataaatTTTTATGTTTAAAGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGt < 2:1244284/91‑1 (MQ=255) aaatataaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGta < 2:6393474/91‑1 (MQ=255) tataaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTTTTAGTCATTATGTATAc > 1:2099257/1‑91 (MQ=255) tataaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATAc < 1:578570/91‑1 (MQ=255) aataaatTTTTATGTTTAACGTAAAAA‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATAc < 2:4882148/90‑1 (MQ=255) atgaatGTTTATGTTTCACGAAAAAA‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACg < 2:3087840/88‑1 (MQ=255) ataaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACg < 1:2583102/91‑1 (MQ=255) ataaatTTTTATGTTTCACATAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACg < 2:5399204/91‑1 (MQ=255) taaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGa > 2:2100999/1‑91 (MQ=255) taaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGa > 2:2024358/1‑91 (MQ=255) taaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGa < 1:3767784/91‑1 (MQ=255) aaatTTTTATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGAc < 1:6522398/91‑1 (MQ=255) aatTTTTATGTTTCACGTAAAACAAAAAAAAAAGACAATGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGAc > 2:6593780/1‑91 (MQ=255) ttttATGTTTCACGTAAAAC‑AAAAAAAAAGACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATcc < 1:4134508/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |