| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17001 | NA (NA) | 33 (0.030) | 12/148 | NT | 100% | coding (61/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | = 17016 | 0 (0.000) | coding (46/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 605 total aligned reads displayed.
TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTT > CP000731/16926‑17106 | ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:107878‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:4159222‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:1449038‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATAGATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:5253361‑M2/1‑91 (MQ=255)attataaatttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 2:4674755‑M2/86‑91 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:5080620‑M2/6‑1 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 1:783188‑M2/86‑91 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:5148880‑M2/6‑1 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 1:6627962‑M2/6‑1 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 1:2976043‑M2/6‑1 (MQ=255) attttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGAt < 2:5785707‑M2/12‑1 (MQ=255) tatCACGATAACTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagttatcgtgatatatctgaaatatta < 2:4785920‑M2/91‑46 (MQ=255) tgtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAaattatac > 1:860732‑M2/11‑90 (MQ=255) gtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatatt > 1:6388078‑M2/10‑91 (MQ=255) gtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatatt > 1:4871830‑M2/10‑91 (MQ=255) tagCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaac < 1:6335566‑M2/91‑78 (MQ=255) agccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatattat > 2:3572674‑M2/8‑91 (MQ=255) agCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacg < 1:6002506‑M2/91‑79 (MQ=255) gccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAttatattata > 1:7000216‑M2/7‑91 (MQ=255) gccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAttatactata > 1:1197574‑M2/7‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 1:4021844‑M2/6‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:999413‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:2642310‑M2/5‑91 (MQ=255) aaCGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatct < 1:2467109‑M2/91‑83 (MQ=255) aaCGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatct < 2:5964387‑M2/91‑83 (MQ=255) aaCGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatct < 1:4984716‑M2/91‑83 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3536747‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:1346396‑M2/3‑91 (MQ=255) cGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatc < 2:3678390‑M2/88‑82 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:2291212‑M2/91‑86 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 2:4096944‑M2/1‑6 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 2:4880826‑M2/1‑6 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 1:6272367‑M2/1‑6 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:5531946‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1982049‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:1366499‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 2:2683136‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:1823420‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCAACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:3011930‑M2/91‑1 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccg < 2:6137516‑M2/91‑87 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccg < 1:2097857‑M2/91‑87 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtgctgtaaacgttcctcattcgacgatctaccg < 2:6920197‑M2/91‑87 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa > 2:4544164‑M2/1‑91 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:2359441‑M2/91‑1 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:6914612‑M2/91‑1 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:3210179‑M2/91‑1 (MQ=255) GCTACAGTGATAACACCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa > 1:4717643‑M2/1‑91 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt > 2:2250965‑M2/1‑4 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt < 2:527685‑M2/91‑88 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt > 2:2818889‑M2/1‑4 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt < 2:3814360‑M2/91‑88 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt > 1:3249281‑M2/1‑4 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt < 1:179150‑M2/91‑88 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt > 1:5437228‑M2/1‑4 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt > 2:654023‑M2/1‑4 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATCGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:6807417‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:650120‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:4984603‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:4069203‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:223277‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc > 1:4550299‑M2/1‑91 (MQ=255) tactatctaagatattcattgatctaacgtgatatatctgaaatagtaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt > 2:6874788‑M2/1‑3 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt < 2:2934090‑M2/91‑89 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt > 1:3684658‑M2/1‑3 (MQ=255) TACAGTGATAGCATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 1:1697642‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 1:2730251‑M2/91‑1 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 1:5662993‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 1:1479132‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 2:5652392‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 1:4349869‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 2:1270302‑M2/91‑1 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTAAATTATAAATTCAACt > 2:5389577‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCCGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 2:6747528‑M2/1‑91 (MQ=255) actatctaagatctgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg > 2:4458250‑M2/1‑2 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaactattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 2:1114413‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 2:1573443‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 2:4577109‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 1:3422712‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg > 1:1577057‑M2/1‑2 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 2:2006872‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 1:5924676‑M2/91‑90 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:905432‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:4023620‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:3701747‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:4231720‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:2410760‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:5166459‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:3086010‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:2575030‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAACTCAACtt > 1:5545882‑M2/1‑91 (MQ=255) ctatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttgg > 1:5726333‑M2/1‑1 (MQ=255) ctatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttgg < 2:6292879‑M2/91‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 1:3899644‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt < 2:430303‑M2/91‑1 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 1:5501127‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 1:6079787‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 1:935131‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 2:1735398‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 2:3387846‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATGGTTTATATCTGAAATAGTACATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCCACttt > 2:317404‑M2/1‑91 (MQ=255) | TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTT > CP000731/16926‑17106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |