| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 17008 = | NA (NA) | 29 (0.020) | 10/148 | NT | 100% | coding (54/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 17011 = | 0 (0.000) | coding (51/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 581 total aligned reads displayed.
GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 | tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 2:3810660‑M2/91‑91 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 1:4617966‑M2/91‑91 (MQ=255)gATGGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG > 1:1992310‑M2/1‑91 (MQ=255)gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG < 1:5018947‑M2/91‑1 (MQ=255)gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG < 1:3811042‑M2/91‑1 (MQ=255)gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG > 1:4854810‑M2/1‑91 (MQ=255) 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ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:3931398‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:3641992‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttcagtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:5387131‑M2/4‑1 (MQ=255) actatataattttaacaacaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:5863724‑M2/4‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:769520‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 2:1487357‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:3947161‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:2722306‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:447878‑M2/5‑1 (MQ=255) taatacaattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcaaatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 2:6862353‑M2/87‑91 (MQ=255) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGTTAGTAGCCAACGGCTA > 2:5468284‑M2/1‑91 (MQ=255) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTA > 1:1805787‑M2/1‑91 (MQ=255) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTA > 1:4139869‑M2/1‑91 (MQ=255) ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:2132619‑M2/1‑91 (MQ=255) ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC < 2:5160770‑M2/91‑1 (MQ=255) ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:4334553‑M2/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |