| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 120 (1.060) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AAAAATATGTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGT > USA300TCH1516_ALE/932333‑932610 | aaaaaTATGTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAAc < 2:668322/141‑1 (MQ=255) gTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAt > 1:7469/1‑141 (MQ=255) gTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAt < 1:141776/141‑1 (MQ=255) gTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAt < 3:411406/141‑1 (MQ=255) 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2:963765/1‑141 (MQ=255) cacaTAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaatttttaggtttatctacttcaggttgtggttcacctttcatacgtttcgcaatttgctcatccatataaacccaacctttccaaccgatgtg > 2:938205‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaTAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCAt < 1:398118/141‑1 (MQ=255) caTAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaatttttaggtttatctacttcaggttgtggttcacctttcatatgtttcgcaatttgctcatccatataaacccaacctttccaaccgatgtgta < 3:27000‑M1/141‑138 (MQ=255) caTAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaatttttaggtttatctacttcaggttgtggttcacctttcatatgtttcgcaatttgctcatccatataaacccaacctttccaaccgatgtgta < 4:426622‑M1/141‑138 (MQ=255) caTAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCa < 1:670540/141‑1 (MQ=255) caTAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCa < 1:1023761/141‑1 (MQ=255) aTAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaatttttaggtttatctacttcaggttgtggttcacctttcatatgtttcgcaatttgctcatccatataaactcaacctttccaaccgatgtgtac > 4:228658‑M1/1‑3 (MQ=255) aTAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaatttttaggtttatctacttcaggttgtggttcacctttcatatgtttcgcaatttgctcatccatataaacccaacctttccaaccgatgtgtac > 1:306664‑M1/1‑3 (MQ=255) | AAAAATATGTTATCAGTGATGCCGTACACATCGGTTGGAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAATAACTTTCCCATCAGT > USA300TCH1516_ALE/932333‑932610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |