| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1575710 = | 102 (0.850) | coding (1807/6201 nt) | USA300HOU_RS07705 | Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 | |||||
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CACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACTTCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTTCAATCAAGGCT > USA300TCH1516_ALE/1575533‑1575813 | cACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACTTCGATTGCTAATGAtt > 2:74158/1‑141 (MQ=255) acaatagttggtactgaagcagcaagtggatttttagccttgattgaagcgggaccagataaaattaatagctatagtaaatccttaaagaattccaatggcgaaagtaaaaaagcagcagatttgatgaaagataatctc < 2:931579‑M1/2‑1 (MQ=255) aCCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACTTCGATTGCTAATGATTc > 1:176569/1‑141 (MQ=255) cAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACTTCGATTGCTAAGGATTCaa < 1:858552/141‑1 (MQ=255) 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1:475650/141‑1 (MQ=255) ccGACTTCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCt > 1:568887/1‑141 (MQ=255) ttCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTcc < 2:735591/141‑1 (MQ=255) tCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTccc > 2:319166/1‑141 (MQ=255) tCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTccc > 2:319286/1‑141 (MQ=255) aTTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCt > 4:312589/1‑141 (MQ=255) tGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTtc < 1:787743/141‑1 (MQ=255) cTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTtcaa < 2:807360/141‑1 (MQ=255) aTGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTtcaatca > 4:419186/1‑141 (MQ=255) tGATTCAAAAGCGCCACCTAGTTGTTTCAGAGCGTCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTAATTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATGGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTtcaatcca < 4:295339/141‑3 (MQ=255) tGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTtcaatcaa < 3:242679/141‑1 (MQ=255) TCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGAGTTACTATAGCTATTTATTTTATCTGGTCCCGCTTCAATCAAGGCt < 2:590845‑M1/141‑1 (MQ=255) | CACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACTTCGATTGCTAATGATTCAAAAGCGCCACCTAATTGTTCCAGAGCGCCTTTGAGATTATCTTTCATCAAATCTGCTGCTTTTTTACTTTCGCCATTGGAATTCTTTAAGGATTTACTATAGCTATTAATTTTATCTGGTCCCGCTTCAATCAAGGCT > USA300TCH1516_ALE/1575533‑1575813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |